Harry se raduje da će kraj ljeta započeti novi tečaj u Hogwartsu i što prije napustiti kuću svoje prezrene tetke i ujaka, Dursleys. Ono što Harry ne zna jest da će morati napustiti Privet Drive prerano i neočekivano nakon što je tetku Marge pretvorio u divovski balon. Noćni autobus i očaran, naravno, odvest će ga do konobe Leaky Cauldron, gdje ga ne čeka nitko drugi do Cornelius Fudge, ministar magije.

2035. godine osuđeni James Cole nevoljko se dobrovoljno vratio u prošlost kako bi otkrio podrijetlo smrtonosnog virusa koji je izbrisao gotovo cijelo stanovništvo zemlje i prisilio preživjele u podzemne zajednice. Ali kad Colea pogrešno pošalju u 1990. umjesto u 1996., uhićen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatra dr. Kathryn Railly i pacijenta Jeffreyja Goinesa, sina poznatog stručnjaka za viruse, koji možda drži ključ misteriozne nevaljale skupine, Armije 12 majmuna, za koju se smatra da je odgovorna za oslobađanje od ubojite bolesti.