Égaré dans l'espace-temps, un engin spatial américain s'écrase en 3978 sur une planète inconnue. Les astronautes Taylor, Landon et Dodge découvrent que les hommes primitifs de cette planète mystérieuse sont placés sous le joug de singes très évolués.
Après une mystérieuse absence de 8 ans, David Freeman, un jeune garçon, réapparait, sans avoir pourtant vielli d'une année. Les agents chargés de l'enquête découvrent que David était, au moment de sa disparition, à bord d'un vaisseau spatial contrôlé par des extra-terrestres ...
Un agent secret des années soixante est sorti du cryofreeze pour s'opposer à son plus grand ennemi des années quatre-vingt-dix, où ses attitudes sociales sont carrément déplacées.
Le Dr Evil est de retour avec une nouvelle machine à remonter le temps, qui lui permet d'aller dans les années 1960 et de voler le mojo d'Austin Powers, le privant ainsi de ses parties de jambes en l'air.
Après avoir appris que son père a été enlevé, Austin Powers doit se rendre en 1975 et vaincre le méchant et bien nommé Goldmember, et qui travaille avec le Dr Evil.
En 2247, à Angel City. Pour échapper à la mort, Martin Whistler, un fou mystique compromettant la paix universelle, remonte dans le temps jusqu'en 1985 et s'installe à Los Angeles pour tuer les ascendants du Concil qui gouverne Angel City (s’ils tuent leurs aïeuls, ils ne naîtront jamais!). Le cynique Jack Deth, des troupes territoriales, est envoyé à sa poursuite et rencontre une ravissante jeune femme, Leena. Whistler doit être anéanti avant que le fragile équilibre des temps ne soit bouleversé..
En 2029, un groupe d'astronautes entraîne sur la station orbitale Oberon des singes pour remplacer l'homme dans des explorations spatiales à haut risque. Suite à la réception d'étranges signaux, les astronautes envoient le chimpanzé Pericles afin d'en connaître l'origine. Toutes les communications entre le primate et la station sont subitement interrompues et le vaisseau disparaît des radars. Désobéissant à ses supérieurs, Leo Davidson embarque dans un des vaisseaux expérimentaux pour aller porter secours à Pericles. Tout comme lui, il perd le contrôle des commandes et s'écrase dans les marais d'une forêt tropicale. L'intrépide pilote voit alors un groupe d'humains affolés foncer droit sur lui, et se fait capturer par des chimpanzés parlants. Qu'est-il arrivé sur cette planète pour que des singes en viennent à dominer la race humaine ?
Bill Smith, à la tête d'un comité officiel d'investigation, enquête sur la collision de deux avions commerciaux. Sur les lieux du sinistre, il découvre une arme d'origine inconnue...