Gintoki, Shinpachi e Kagura sono stati assoldati per impedire ad un misterioso automa di registrare illegalmente dei film in un cinema. Gintoki, però, viene trasportato cinque anni nel futuro dal robot in questione, che si rivela essere una macchina del tempo costruita da Gengai. In questo futuro, Gintoki è morto e il pianeta è funestato da una misteriosa malattia chiamata "Peste Bianca".

Lupin si reca con la sua banda in Europa per trovare i quattro tesori nazionali di Shahalta, una piccola nazione indipendente che sorge nel cuore delle Alpi italiane, e che ha fondato la sua prosperità economica sulla tecnologia per la costruzione di avveniristiche aeronavi alimentate da un particolare tipo di elio. I quattro tesori, se riuniti, potrebbero condurre all'anima di Shahalta, il tesoro perduto della nazione, la cui famiglia reale è stata spodestata diciassette anni prima da un colpo di Stato che ha trasformato il Paese in una repubblica.

Dopo un incidente aereo durante una gita scolastica, Oribe Mutsumi e i suoi compagni di classe sono rimasti bloccati su un'isola apparentemente deserta. Mutsumi ha trovato gli altri sopravvissuti e ha usato la sua conoscenza della natura selvaggia per aiutarli. Si aspetta che verranno salvati in circa tre giorni, il che non sembra durare così a lungo. Tuttavia, non ha tenuto conto del fatto che l'isola è popolata da giganteschi insetti assassini. La sua conoscenza di farfalle, vespe e altro potrebbe essere l'unica cosa che aiuterà i suoi compagni di classe a sopravvivere per essere salvati!