در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
هری سومین سال را در مدرسه هاگوارتز سپری میکند و مشکلات جدیدی در انتظار او هستند. قاتل محکوم، سیریوس بلک از زندان جادوگران گریخته است و اکنون به دنبال هری می‌آید.
«مارتی مک فلای» که به تازگی از گذشته برگشته دوباره توسط «دکتر امت» به اینده فرستاده میشود تا از به زندان افتادن پسرش در اینده جلوگیری کند اما متاسفانه اوضاع خراب تر میشود...
فیلم در صحنه‌های اولیه مخاطب را به سال ۲۰۲۹ می‌برد؛ دورانی که در بحبوحه جنگ هسته‌ای، ماشینها و روباتها عملاً کنترل زمین را به دست گرفته‌اند و مشغول نابود کردن آخرین انسان‌های باقی‌مانده هستند. نابودگر (آرنولد شوارزنگر) که یک سایبورگ یا ربات انسان‌نما است، به سال ۱۹۸۴ فرستاده میشود تا زنی جوان به نام سارا کانر (لیندا همیلتون) را که مادر جان کانر ناجی بشریت در جدال با روباتها خواهد بود بکشد. به دنبال او نیروهای انسان‌ها نیز …
در سال ۱۹۹۵ «مارتی مک فلای» یک نامه از دوست خود «دکتر امت براون» دریافت میکند، و محتویات نامه به مارتی کمک میکند که ماشین زمان را پیدا کند. مارتی با استفاده از ماشین زمان به غرب قدیم میرود و توجه میشود که دوستش به دست ارازل و اوباش افتاده است و ...
از زمانی که کانر توانست با کمک نابودگر از دست روبات جیوه ای جان سالم بدر ببرد ۱۰ سال می گذرد او هم اکنون ۲۵ سال دارد مادر او کشته شده و او تنها زندگی می کند ، کانر زندگی سختی دارد نه خانه ای و نه کاری .تی ایکس پیشرفته ترین روبات انسان پا به کره زمین می گذارد و قصد دارد با کشتن جان کانر زمین را از بین ببرد ، کانر قرار است در آینده فرمانده نیروهای زمینی شود که بر علیه روبات ها به جنگ می پردازند .نابودگر به زمین باز می گردد و این بار قصد دارد به هر طریق ممکن جان کانر را از مرگ نجات دهد در این بین جان کانر با دختری که سالها پیش با او همکلاسی بوده آشنا می شود آنها قرار است بعد ها با هم ازدواج کنند . نابودگر بعد از دشواری زیاد تی ایس را از بین می برد و خود نیز ار بین می رود . جان کانر همراه دوست دختر خود به پناهگاهی می روند که سالها پیش برای جنگهای اتمی درست شده است . در این هنگام روباتها به سیستم اتمی جهان نفوذ کرده و جنگ اتمی را آغاز می کنند.