Mārtijs Makflājs ir tipisks amerikāņu pusaudzis astoņdesmito gadu Amerikā. Viņš ar traka zinātnieka radīto un plutonija darbināto DeLorean nejauši tiek nosūtīts atpakaļ uz 1955. gadu. Savā trakotajā un lielākoties aizraujošajā ceļojumā laikā par Martija uzdevumu kļūst viņa tolaik jauno vecāku - pusaudžu - savešana kopā un likšana abiem iemīlēties, jo šis ir vienīgais veids, kā viņš var nonākt atpakaļ nākotnē.
Harijs ar nepacietību gaida vasaras beigas, lai sāktu jaunu kursu Cūkkārpā, un pēc iespējas drīzāk pamestu nicināmās tantes un tēvoča Dursleys māju. Harijs nezina, ka viņam būs jāatstāj Privet Drive agri un negaidīti pēc tam, kad viņa krustmāte Marge pārvērtīsies par milzu balonu. Nakts autobuss un, protams, apburts, vedīs viņu uz Leaky Cauldron krodziņu, kur viņu negaida neviens cits kā Burvju ministrs Kornēlijs Fudžs.
Filma sākas tur, kur beidzās "Atpakaļ nākotnē" pirmā daļa. Mārtijs Makflajs nupat kā atgriezies no pagātnes, kad atkal viņa ceļi krustojas ar profesoru Emetu Braunu, un sākas jauns ceļojums laikā. Mārtija jaunais darbs nākotnē ir izlikties par paša dēlu, lai nepieļautu sevis nonākšanu cietumā. Diemžēl situācija mainās un pasliktinās ik minūti, un rīcība nākotnē jau atkal atstāj savas sekas tagadnē.
2035. gadā notiesātais Džeimss Kols negribīgi pieteicās nosūtīt atpakaļ laikā, lai atklātu nāvējošā vīrusa izcelsmi, kas iznīcināja gandrīz visus zemes iedzīvotājus un piespieda izdzīvojušos iekļūt pazemes kopienās. Bet, kad Kols kļūdas dēļ tiek nosūtīts uz 1990. gadu, nevis 1996. gadu, viņš tiek arestēts un ieslodzīts psihiatriskajā slimnīcā. Tur viņš satiek psihiatri Dr. Ketrīnu Reiliju un pacientu Džefriju Goinsu, slavena vīrusu eksperta dēlu, kuram, iespējams, ir noslēpumainās negodīgo grupas, 12 pērtiķu armijas, atslēga, kas, domājams, ir atbildīga par slepkavas slimības atbrīvošanu.
Iesprostots 1955. gadā, Mārtijs Makflajs saņem ziņu no sava drauga, profesora Emeta Brauna. Viņš atklāj, kur iespējams atrast DeLorean laika mašīnu. Tiesa, negaidīts atklājums neļauj Mārtijam nokļūt līdz palīdzībai no sava drauga. Izmantojot laika mašīnu, Mārtijs dodas uz mežonīgajiem rietumiem, kur viņa draugam jācīnās ar ļaundaru bandu, vienlaikus risinot mīlas jūtas pret vietējo skolotāju.