Nakon ponovnog ujedinjenja s Gwen Stacy, Brooklynov prijateljski nastrojeni Spider-Man iz susjedstva katapultira se preko Multiverzuma, gdje susreće tim Spider-ljudi zaduženih za zaštitu njegovog postojanja. Ali kada se heroji sukobe oko toga kako se nositi s novom prijetnjom, Miles se nađe suprotstavljen drugim Spiderima i mora redefinirati što znači biti heroj kako bi mogao spasiti ljude koje najviše voli.

Prvi put u povijesti Spider-Mana identitet našeg prijateljskog heroja iz susjedstva je otkriven i on više nije u stanju odvojiti svoj normalan život od visokih rizika super heroja. Kad zatraži pomoć doktora Strangea, ulozi postaju još veći, prisiljavajući ga da otkrije što uistinu znači biti Spider-Man.

Hector se opušta ispred svoje nove seoske kuće i gleda obližnja brda kroz dalekozor kad ugleda nagu ženu između stabala. Kreće prema njoj no napadne ga osoba glave zamotane u groteskni, ružičasti zavoj. Sklanja se u laboratorij na vrhu brda, gdje ga usamljeni stanar uvede u čudnu znanstvenu napravu.

Zemljinim prirodnim resursima ponovno prijeti potpuno uništenje, a čovječanstvu višemilijunski gubitci. Da bi se suprotstavili neprijateljskim, genetski modificiranim čudovištima Kaiju, ljudi su izumili novu vrstu oružja: gigantske robote nazvane Jaegers. U Prvoj bitci, robote su kontrolirali dvojica pilota međusobno komunicirajući telepatijom, te su slavno izborili pobjedu nad zlom. Dobili su bitku, ali ne i rat. U Ustanku upravljače u svoje ruke preuzimaju djeca proslavljenog Stackera Pentecosta. Buntovni mladi pilot Jake, koji je po smrti svoga oca odbacio obuku i upleo se u zbivanja kriminalnog podzemlja, sada uviđa ozbiljnost situacije i odlučuje se udružiti s otuđenom sestrom, publici već poznatom Makom Mori. Moraju nastaviti herojsku misiju svog pokojnog oca te zajedno u boj povesti hrabru novu generaciju pilota i boraca, odraslih u sjeni rata. Pridružuju im se daroviti pilot Nate Lambert i petnaestogodišnja Jaeger hakerica Amara Namani.