V zadnjem filmu o pustolovščinah najstnika Martyja in odštekanega znanstvenika Doca strela uniči njun časovni stroj. Nato se Doc na lepem znajde v letu 1885. Martyju, ki je obtičal v letu 1955, pošlje sporočilo iz skrivnega mesta, kjer je njun časovni stroj DeLorean skrit že vsaj sedemdeset let. Priloži tudi napotke za popravilo časovnega stroja, ki so v letu 1885 še neuporabni. Doc si je vedno želel živeti na Divjem zahodu, zato v svojem sporočilu jasno navede, naj se Marty vrne nazaj v leto 1985 in tam časovni stroj uniči. Vendar Marty spremeni načrt in se tudi sam znajde na Divjem zahodu.
Peter Parker vse težje prenaša breme junaka, saj ga vloga Spider-Mana vedno bolj omejuje. Ljubezen do Mary Jane je vse bolj oddaljena, Petrov prijatelj Harry želi uničiti Spider-Mana, mesto pa terorizira zlobni Doc Ock, nekdaj Petrov vzgled.
Morilec Mike Fallon se je po dogodkih v Londonu pritajil in se sprošča v mediteranskem paradižu na Malti. A ko je na glavo sebičnega sina mafijskega šefa razpisana bogata nagrada, ga mora Mike za vsako ceno zaščititi pred množico morilcev.
Zdi se, da je Peter Parker vendarle našel pravo ravnotežje med predanostjo veliki ljubezni M.J. in nalogami superjunaka. Toda na obzorju se že zbirajo nevihtni oblaki, saj zavoljo oboževanja javnosti in zelo vsiljive občudovalke Gwen Spider-Man postaja vse bolj prevzeten. Ko v igro vstopi še negativec Sandman, ki je kriv za smrt Petrovega strica, se Spider-Man prične spreminjati v temnega maščevalca, ki sicer premore neslutene moči, a za ceno izgube stika z ljudmi, ki Spider-Manu največ pomenijo.