Nimetu linn, mille lähedusse tekib ühel päeval ala, kus ei kehti füüsikaseadused, inimesed jäävad kadunuks ja toimub muudki salapärast. Tsooniks kutsutud ala suletakse ja kes sinna läheb ja vahele jääb, riskib mahalaskmise või vanglakaristusega. Kuid ka Tsoon ise võib nõuda su elu. Stalkerid on mehed, kelle jaoks Tsoon on kinnisidee, eluviis ja elatusvahend. Filmi peategelane, keda kutsutakse samuti Stalkeriks, viib inspiratsiooni kaotanud Kirjaniku ja endaga salaplaani kaasas kandva Professori Tsooni, et leida sealt ruum, kus võivad täituda kõik unistused.
Raccoon City elanikkonnast on vabastatud surmav viirus. Alice (Milla Jovovitš), üks biokeemilises katastroofis ellujäänutest, asub selle laastatud linna südames. Pärast tema geneetikat muutnud eksperimente on tal nüüd üliinimlikku jõudu, meeli ja osavust. Need ja muud oskused on need, mida peab kasutama see, kes soovib selles uues seikluses ellu jääda. Koos teiste ellujäänutega peab ta põgenema üha ohtlikuma Raccoon City eest. Oma eesmärgi saavutamiseks peavad nad võitlema Umbrella Corporationi jõudude, nende laborites loodud vägivaldsete biotehniliste olendite, linna vaevavate zombidega ja lõpuks nende loomingu kõige kolossaalsema ja surmavamaga: Nemesis.