V tomto filmu studio Toho poprvé představilo gigantickou můru Mothru, která dokáže pustošit Japonská města jak v podobě larvy, tak v podobě motýla. Mothra spí hluboko ve skalách na ostrově Infant, jehož pobřežní vody slouží armádě země Rolisica (fiktivní země, zde symbolizující USA) k testování atomových zbraní. Poblíž ostrova ztroskotá japonská válečná loď a trosečníci přežijí radioaktivní záření díky nápoji vyráběnému domorodci. To vzbudí zájem badatelů a tak se na ostrov vydává výprava složená z vědců a novinářů. Nebude dlouho trvat a jejich aktivity probudí rozhněvanou Mothru z dlouhého spánku…
Reportér Goro nalezne během plavby na své lodi na první pohled opuštěné a především dost poškozené rybářské plavidlo. Při jeho průzkumu nejenže nalezne jediného přeživšího člena posádky mladíka Hiroshiho, ale je následně napaden obřím mořským parazitem. Po návratu na pevninu Hiroshi začne vyšetřovatelům vyprávět, jak na jejich loď zaútočila Gojira, kterou považovala veřejnost za mrtvou. Vláda se snaží vše ututlat, ale jen do doby než je zničena ruská ponorka. Na nátlak ruské i americké strany nakonec premiér Mitamura musí jít s pravdou ven a co víc, je okamžitě potřeba Gojiru zničit, jinak Rusové proti ní použijí své atomové zbraně. Dopomoci by k tomu mohla nová „superzbraň“ SUPER X…