Un organismo alieno giunge sulla Terra portato da un meteorite. Questo organismo si alimenta con le sostanze degli scarichi industriali, e visto che il Giappone è ricco di industrie, rapidamente l'alieno, chiamato Hedorah, cresce e diventa una sorta di gigantesca ameba tossica che comincia a far strage di esseri umani mediante getti di acido capaci di corrodere una persona fino all'osso. Tra i primi ad accorgersi del pericolo c'è il dottor Yano, rimasto sfigurato da un incontro con la creatura durante un'immersione. Mentre Hedora acquista anche la capacità di volare (durante il volo rilascia gas tossici), gli umani invocano l'intervento di Godzilla. Ma neppure lui sembra essere in grado di battere Hedora...

Godzilla viene risvegliato da un'eruzione vulcanica al largo del Giappone e si dirige alla volta della centrale nucleare di Ihama. Nulla appare in grado di fermarlo....

Il protettore del regno acquatico di Seatopia, un gigantesco insetto chiamato Megalon, viene inviato contro gli esseri umani. Ma per poterlo comandare è necessario rubare l'ultima invenzione del professor Goro Ibuki. Si tratta di un cyborg molto avanzato che però sfugge al controllo degli invasori e si scaglia contro Megalon. Dallo spazio in soccorso di Megalon giunge Gigan. Adesso sono due mostri a combattere contro un solo cyborg ma in suo aito arriva Godzilla.

Ichiro, un bambino appartenente a una povera famiglia, viene continuamente preso di mira da un bullo del quartiere, Gabara. Il piccolo trova un sostegno morale stringendo amicizia telepaticamente con Minilla, il figlio adottivo di Godzilla, che si trova sull'Isola dei Mostri. Anche lui è angariato da un mostro elettrico, che guarda caso si chiama Gabara. In seguito Ichiro scopre che in un magazzino vicino alla sua casa sono nascosti due ladri, che lo rapiranno. Ichiro, con l'aiuto mentale di Minilla, riuscirà a consegnare i rapinatori alla polizia e riuscirà a battere il suo rivale, mentre sull'Isola Minilla farà combattere Gabara con Godzilla...