Dwudziesty piąty film z Godzillą oraz trzeci i zarazem ostatni film z serii "Aletrnatywna Rzeczywistość". Godzilla zaatakowała Japonię po raz pierwszy około 50 lat temu. Od tej pory słuch o niej zaginął. Jednak z całego świata dochodzą niepokojące raporty, mogące oznaczać powrót Godzilli. Niespodziewanie, na niebie pojawia się wielki szerszeń. Następnie z głębin pewnego jeziora wynurza się wielka gąsiennica. Na dodatek, w podziemnej grocie naukowcy odkrywają zagrzebanego w lodzie trójgłowego smoka. Czy którykolwiek z tych potworów to Godzilla? Co zaczyna się dziać na świecie? Gdzieś, na morzu pojawia się jeszcze jeden potwór - liczący sobie miliony lat dinozaur. Gdzieś, na lądzie, żyje starzec, który przepowiedział to, co ma się stać. Czy jednak ludzkość znajdzie go na tyle szybko, żeby jeszcze raz uratować się przed ostateczną zagładą?

Rozbitkowie ocaleni po katastrofie statku znaleźli się na Wyspie Infant, wcześniej wykorzystywanej do prób atomowych. Na niespotykanie wolnej od radiacji wyspie ekspedycja odkrywa osobliwe rzeczy włącznie z dwiema kobietami mierzącymi zaledwie 30 centymetrów. Niegodziwy przywódca ekspedycji Clark Nelson porywa kobiety i umieszcza w swoim wodewilu. Ale ich słodka pieśń zawiera w sobie telepatyczne wołanie o pomoc do Mothry, gigantycznej ćmy czczonej przez mieszkańców wyspy jak bogini. Mothra wyrusza na poszukiwania kobiet do Tokio powodując przy tym ogromne zniszczenia.

Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.