불길한 혜성 레파루스의 인도에 의해, 황금사과에 봉인되고 있던 불화의 여신 에리스가 세이야가 자란 고아원인 별의 아이 학원의 소녀·아이자와 에리의 육체에 빙의 해 지상에 강림했다. 아테나의 힘을 빼앗아 완전 부활하려 하는 에리스를 저지하고 아테나를 구출하기 위해 출동한 세이야들을 에리스의 힘으로 부활한 고스트 세인트들이 가로막는다.

19세기 중엽의 유럽 어느 마을. 사람들은 글자 그대로 돌로 변해 버린다. 지도자들이 이 문제를 해결하려 골몰하지만, 속수무책이다. 보름달이 뜨면 메두사는 자신의 성을 떠나고, 그 후 그녀의 얼굴을 본 누구든지 돌로 만드는 흑마술을 사용한다. 그런데 라이프찌히 대학의 전문가들이 이 곳을 방문하고, 메두사와 일대 대결을 펼친다.