日本战国时代，一个满目荒凉穷山恶水的山村里，每年麦收的时候，都会遭到强盗的袭击。这一年，村民们决定雇佣七名武士来保卫他们的村庄和收成，七名武士分别是勘兵卫、久藏、胜四郎、五郎、七郎、平八和冒充为武士的农民菊千代。武士勘兵卫是个步伐矫健、作战经验丰富的人，他负责指挥全村人进行防御准备。在突袭强盗老巢的行动中，武士久藏和菊千代杀死数名强盗，但武士平八为救农民利吉中弹身亡。武士和村民们手握铁锹、竹矛死守村庄，巧妙击退了强盗的一次次进攻，但在抵抗中片山五郎兵卫战死。决战之日，13名强盗骑马冲入村庄，格斗中，强盗用火铳击中了久藏。菊千代怀着愤怒和仇恨杀死了最后一个敌人，自己也因中弹倒地而亡。强盗终于被尽数歼灭，但村民们也付出了很大代价，七名武士最终阵亡四名，留下坟冢上四把武士刀刺入天穹。大战过后，武士们离开村落，武士中的首脑人物勘兵卫不禁感叹：“这也是场败仗……赢的并不是武士，而是农民。”

“黑蛇”（乌玛•瑟曼 Uma Thurman 饰）继续上一集未完的复仇之旅。探听得知，前比尔的贴身保镖“响尾蛇”洗手不干后住在得克萨斯州的奥斯汀。当她晚上悄悄溜到“响尾蛇”住的拖车上时，却中了埋伏，被“响尾蛇”用枪击中胸部并被麻醉了。“响尾蛇”将“黑蛇”装到棺材里填埋 了。此时，“黑蛇”苏醒过来，运用她的师傅白眉老道所传授的功夫从棺材里脱身。当她回到“响尾蛇”所住的拖车时，发现“响尾蛇”和另一个追杀目标“加利福尼亚蛇”正在交易她随身携带的宝刀。打斗中，“加利福尼亚蛇”放出的巴曼蛇咬死了“响尾蛇”。“黑蛇”终于见到比尔了，并揭开了自己满门被杀的真相。

布鲁斯·韦恩（克里斯汀·贝尔 Christian Bale 饰）童年亲眼目睹了父母在高谭市街头被歹徒枪杀，韦恩充满怒火。在继承了父亲亿万家产后，韦恩开始环游世界，希望凭自己的力量复仇和打击犯罪！韦恩为了了解罪犯的心理，在亚洲他亲自体验了犯罪的感觉，最后被捕入狱。他在狱中遇到了武艺高强的杜卡，杜卡传授了韦恩高强的武艺和坚韧的意志力。韦恩很快被神秘的影忍者盟看上，忍者大师一直想邀他加入。韦恩不久发现影忍者盟对自己的家乡高谭市另有企图，他毅然回到了故乡。韦恩在自己的庄园发现了一个地下室，从此他多了一个身份—蝙蝠侠。蝙蝠侠开始了对抗笼罩在高谭市的黑暗。

满城的菊花，意态舒展。人的忧思，却绞缠于胸。金碧辉煌的宫廷里，心绪不宁的皇后领着王子们在等王。宫闱上下，因为这个即将到来的重阳，忙碌得有序而繁密。一场盛大仪式准备就绪，王却悄然回宫，他好像要有意冷落那些恭候已久的人们，不给他们一个稍微镇定的机会去察言观色，暗自忖量。独自一人的时候他开怀大笑，他的笑里好像有很多的秘密。王是这样的王，仿佛振一振袍子，也有雷霆迅至。大的王子是祥，他的秘密太沉太重，矜贵之躯，也被这秘密打发成落魄的形骸。小的王子是昌，他的笑容灿烂，但是金玉之体，转过身来是温厚端笑，变过身去，嘴角竟有了一丝冷凝。

纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。

忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高!

　忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!