Siamo nel 2026 e Kirito, Asuna e i loro amici iniziano a giocare a un nuovo gioco conosciuto come OS (abbreviazione di "Ordinal Scale") che, contrariamente a quelli con cui hanno giocato in precedenza, non si basa su una logica full-immersion ma su un nuovo dispositivo di realtà aumentata chiamato "Augma". Ciò consente a chi vi gioca di rimanere sempre cosciente e vigile.

Mikiya Kokutou dà a Shiki Ryougi un gatto da guardare, dato che sarà via per un po'. Anche se Shiki protesta, lui lascia comunque il gatto, e Shiki si ritrova a cercare di capire il suo nuovo compagno felino. Ma per fortuna, il gatto sembra aver preso in simpatia Mikiya e sente la sua mancanza.

Odete sogna di avere un figlio, ma quando lo rivela al suo fidanzato lui la abbandona. La storia di Odete si incrocia, però, con quella di Pedro e Rui, due gay innamoratissimi che si sono appena scambiati gli anelli di fidanzamento, quando Pedro però viene coinvolto in un incidente e muore tra le braccia di Rui. Ma l'amore tra i due è destinato a durare per sempre: guidata dal fantasma di Pedro, Odete compare nella vita di Rui...

Alla fine di Crows Zero II abbiamo visto Genji Takiya diplomarsi dalla scuola superiore Suzuran. Con l'inizio del nuovo anno scolastico comincia una nuova battaglia per ottenere la supremazia. Con il posto del capo vacante, Toru Goura sembrerebbe la persona più vicina a riempire il ruolo lasciato da Genji, ma dovrà affrontare degli agguerriti rivali. Nel frattempo, comincia a montare un nuovo conflitto con la scuola industriale rivale, la Kurosaki.

Richard Dees (Miguel Ferrer) lavora per un giornale scandalistico e, essendo in fase calante quanto a scoop, accetta l’incarico del suo direttore di “coprire” una strana vicenda relativa a feroci omicidi che sembrano essere stati commessi da un maniaco che vola su un vecchio Cessna. Dees si mette a caccia dell’omicida con la determinazione di chi sa che non avrà altre chance: deve trovare la notizia e deve essere succulenta. Dall’altra parte, però, non c’è un “semplice” serial killer, ma un vampiro.