Japan, 2030. Die Technologie ist weit fortgeschritten, Kriminalität plagt die menschliche Gesellschaft — und hier kommt Motoko Kusanagi und die Sondereinheit von Sektion 9 ins Spiel. Bewaffnet mit der neusten Hard- und Software folgen sie dem "Laughing Man", ein mysteriöser Hacker, der schwere Computerverbrechen begangen hat. Es scheint, als ob er sich in die Gehirne von Menschen hackt und sie so zu seinen Marionetten macht. Aber wie fasst man einen so genialen Hacker, der nur ein lachendes Gesicht als Visitenkarte zurück lässt?

Die Brüder Taniguchi und Yatsu werden durch Genexperimente zu menschlichen Waffen. Jahre später lebt Taniguchi als unbedeutender kleiner Angestellter in einer japanischen Großstadt - seine besonderen Fähigkeiten hat er vergessen. Sein Bruder Yatsu lebt auf einem leerstehenden Fabrikgelände und befehligt eine Horde willenloser Mutanten, die Taniguchis Kind entführen und ermorden. Als Taniguchi ebenfalls in die Hände der Handlanger seines Brudes fällt, mutiert er durch Folter stimuliert, zur menschlichen Tötungsmaschine. Schließlich stellen sich die beiden ungleichen Brüder zum alles entscheidenden Duell...

"Der Traum ist der beste Beweis dafür, dass wir nicht so fest in unserer Haut eingeschlossen sind, wie es scheint." Christian Friedrich Hebbel