Nel 2034, la Sezione di Pubblica Sicurezza Numero 9 è ancora attiva e si appresta a risolvere un nuovo cyber crimine. Un misterioso terrorista sta diffondendo un virus (elettronico) che provoca reazioni suicide negli individui che ne vengono infettati, ma dopo che il maggiore Motoko Kusanagi aveva lasciato la sezione (ben 2 anni prima), molto sembra essere cambiato all'interno di questa squadra speciale. Durante le indagini comunque, un terribile dubbio salterà in mente agli uomini della Sezione 9: il maggiore Kusanagi potrebbe avere qualcosa a fare con i sanguinosi attentati delle persone colpite dal virus. Tutta la storia si dirama nella ricerca della verità, e non senza colpi di scena si arriverà a scoprire manovre segrete di cui lo stesso governo nazionale potrebbe essere il promotore segreto.

Gotham City, 2039: il Joker, capo della gang di strada dei Jokerz, annuncia il suo ritorno, dopo aver rubato armi ad alta tecnologia alle imprese Wayne. Dietro la maschera di Batman c'è il giovane Terry McGinnis, adolescente dal passato turbolento, divenuto pupillo di un Bruce Wayne troppo vecchio e malato per combattere il crimine. Terry conosce Bruce salvandogli la vita nella rapina compiuta dai Jokerz e, in seguito, prende il suo posto mettendosi sulle tracce del nemico storico...

Nell'anno 2074, il mercato della cibernetica è dominato da due aziende rivali: la statunitense Pinwheel Robotics e la giapponese Kobayashi Electronics. I cyborg sono all'ordine del giorno, usati per qualsiasi cosa, dai soldati alle prostitute. Casella Reese è un prototipo di cyborg sviluppato per spionaggio aziendale e omicidio. È piena di un esplosivo liquido chiamato Glass Shadow. Pinwheel progetta di eliminare l'intero consiglio di amministrazione di Kobayashi usando Casella