Maža žuvytė Ponyo – stebukladario ir gražiosios jūrų karalienės dukra. Kartą ji pasprunka iš tėvo namų ir išplaukia ant kranto, kur ją suranda kaimelyje ant uolos gyvenantis berniukas vardu Sosuke. Ponyo ir Sosuke draugystė palaipsniui perauga į meilę, kuri kelia milžinišką pavojų ramaus kaimelio gyventojams. Kai magijos griebiasi dukrelę norinti susigrąžinti jos piktoji mama, Sosuke pademonstruoja neįtikėtiną drąsą – tam, kad tik išgelbėtų Ponyo…
Kaorio Touno šeima byra. Po sesers mirties ir tėvų skyrybų, jis nebejaučia ramybės namuose. Po barnio su tėvu Kaoris pabėga iš savo namų ir atsiduria priešais paslaptingą tunelį, kuris jį įtraukia. Sutrikęs dėl to, ką mato viduje, jis skuba prie išėjimo ir paima paukštį, kuris yra identiškas jo mirusiajam augintiniui. Išėjęs Kaoris supranta, kad nors tunelyje praleido vos kelias minutes, praėjo visa savaitė. Keista patirtis verčia jį prisiminti gandus apie „Urašimos tunelį“ kuris išpildo norus mainais už gyvenimo trukmę. Atsižvelgdamas į savo augintinio paukščio prisikėlimą, Kaoris susimąsto, ar kitas apsilankymas gali padėti sutvarkyti jo sujauktą gyvenimą. Tačiau grįžęs prie įėjimo į paslaptingą tunelį Kaoris supranta, kad jį sekė Anza Hanašira, jo nauja klasiokė. Ji taip pat žino apie gandus ir prašo jo padėti jai atlikti eksperimentą – pasirodo, kad ji taip pat turi norą, kurį gali patenkinti tunelis.