Kaksi juuri poliisikoulutuksen läpäissyttä nuorta miestä joutuu keskelle Rio de Janeiron slummeissa riehuvaa huumesotaa. Siellä murhat, jengien välienselvittelyt ja poliisin liiallinen voimankäyttö ovat arkipäivää. Tulokkaiden idealismi karisee nopeasti, ja ystävysten on tehtävä oma valintansa korruption ja ihanteiden välillä. Valinta uhkaa repiä hajalle lapsuudesta saakka kestäneen ystävyyden...

Moottoripyöräpäiväkirja kertoo 23-vuotiaan lääketieteenopiskelijan Ernesto "Che" Guevaran ja hänen ystävänsä Alberto Granadon kiehtovasta matkasta halki Etelä-Amerikan 1950- luvun alussa. Käsikirjoitus on huomattavan näytelmäkirjailijan Jose Riveran käsialaa, ja se perustuu Guevaran ja Granadon päiväkirjoihin."Che" Guevaran roolia Moottoripyöräpäiväkirjassa esittää Gael García Bernal, uusi meksikolainen supertähti elokuvista Amores Perros, Ja äitiäs kans ja Isä Amaron rikos. Bernal esittää pääosaa myös Pedro Almodóvarin elokuvassa Huono kasvatus.Moottoripyöräpäiväkirja sijoittuu Argentiinaan, Peruun ja Chileen, ja sen on ohjannut palkittu brasilialainen Walter Salles. Hänen aiempia elokuviaan ovat arvostelumenestykset Central do Brasil ja Behind the Sun.

Rio de Janeiron slummeissa isättöminä kasvaneet 18-vuotiaat kaverukset Acerola ja Laranjinha päättävät selvittää isiensä kohtalon. Etsintä panee ystävyyden kovalle koetukselle, ja menneisyyden haamut kurottavat nykypäivään keskellä slummien huumejengien välistä sotaa.