일본의 전국시대. 주민들은 황폐한 땅에서 어렵게 수확한 식량으로 한해 한해를 넘기는 빈촌에 살고 있다. 이 빈촌엔 보리 수확이 끝날 무렵이면 어김없이 산적들이 찾아와 모든 식량을 모조리 약탈해 간다. 싸워도 애원해도 소용이 없었다. 가만히 있을 수만은 없던 촌장의 결단으로 사무라이들을 모집하는데, 이들은 풍부한 전쟁 경험을 가진 시마다 칸베에를 포함한 7명이었다. 시마다의 지휘하에 마을은 방위태세를 갖추고 전투훈련도 시작한다. 이윽고 산적들의 공격이 시작되어 치열한 사투가 벌어진다.

전란이 난무하는 헤이안 시대, 폭우가 쏟아지는 라생문의 처마 밑에서 나뭇꾼과 스님이 심각한 표정으로 생각에 잠겨 있다. 잠시 비를 피하러 그곳에 들른 한 남자. 이들은 이 남자를 상대로 최근에 그 마을에 있었던 기묘한 사건을 들려준다. 사건의 배경은 녹음이 우거진 숲 속. 사무라이 타케히로가 자신의 아내 마사코와 함께 숲 속을 지나고 있었다. 산적 타조마루는 그들 앞에 나타나 속임수로 타케히로를 포박하고 마사코를 겁탈한다. 오후에 그 숲에 들어선 나뭇꾼은 타케히로의 가슴에 칼이 꽂혀있는 것을 발견하고 관청에 신고한다. 타조마루는 체포되고, 행방이 묘연했던 마사코도 불려와 관청에서 심문이 벌어지는데...

조국과 명예를 위해 목숨을 걸고 전장터를 누볐던 네이든 알그렌 대위. 그러나 남북전쟁이 끝난 후, 세상은 변했다. 용기와 희생, 명예와 같은 군인의 덕목은 실용주의와 개인의 이익을 추구하는 시대 흐름에 밀려 설 자리를 잃게 되고, 그가 참여했던 전쟁의 명분조차 퇴색해버리자 알그렌은 허탈감에 빠진다. 그리고 지구 반대편에선 또 한명의 무사가 가치관의 혼란 속에 갈등을 겪고 있었다. 황제와 국가에 목숨 바쳐 충성해온 사무라이의 마지막 지도자 카츠모토가 바로 그. 미국이 신문명의 조류 속에서 변혁의 소용돌이에 휘말려있던 그 시기에, 일본의 전통 문화 역시 서양 문물의 도입으로 개혁의 홍역을 앓고 있었다. 새롭게 도입된 철도와 우편제도는 사무라이가 수세기 동안 목숨 걸고 지켜온 가치관을 뒤흔들어 놓고 있었던 것이다. 그러나, 카츠모토에게 전쟁 없는 삶은 곧 죽음이었다.

나가시마 지역의 영주인 칸젠은 쇼군에게 받은 보검을 지키기 위해 사무라이인 카자마츠리를 고용하지만, 카자마츠리는 다른 무사들을 죽이고 검을 가진채 사라진다. 보검을 도난당한 사실을 숨기기 위해 칸젠은 가짜 보검을 만들어 쇼군의 귀에 사실이 들어가지 못하도록 하고, 이를 알게 된 칸젠의 아들 헤이지로는 친구인 쿠로사와, 스즈키와 함께 카자마츠리를 찾기 위해 길을 나선다. 그러나 카자마츠리와 마주친 헤이지로 일행은 참패를 당하고 겨우 살아남은 헤이지로는 한베이라는 노인에게 구출되어 치료를 받는데...

사카구치 타쿠는 동료들과 함께 자신을 데려가기로 한 사람이 기다리고 있는 장소로 가지만, 이들을 기다리고 있던 남자들은 보스가 오기를 기다려야 한다고만 말한다. 초조해하던 그들의 앞에 미사카 치에코라는 여자가 나타난다. 타쿠는 치에코를 본 순간 어디선가 그녀를 본듯한 느낌에 사로잡히고, 다른 남자가 그녀를 함부로 대하는 것을 보고 분노하여 그들에게 달려든다. 그러나 총을 가지고 있던 상대방에게 밀린 타쿠는 치에코와 함께 숲 속으로 도망가고, 그 곳에서 신비한 경험을 하게 된다.