Joel Barish järkyttyy kuullessaan, että hänen tyttöystävänsä Clementine Kruzynski on poistanut hänet mielestään. Raivoissaan hän haluaa saman järjestelmän avulla poistaa itsekin Clementinen mielestään. Mutta kun muistot Clementinesta alkavat hämärtyä, Joel rakastaa tätä vieläkin. Ystävänpäivänä 2004 Joel herää kotonaan Rockville Centerissä. Hän on masentunut ja ahdistunut ja päättää lintsata töistä ja lähteä junalla Montaukiin. Kotimatkallaan hän tapaa (uudelleen) Clementinen, eikä muista tästä juuri mitään. Pian Joel saa kuitenkin tietää, että hänellä on ollut suhde Clementinen kanssa, hän ei vain muista sitä.
Elokuva kertoo Italiaan saapuvasta venäläisestä historiantutkijasta ja runoilijasta, Andrei Gortchakovista (Oleg Jankovski), jonka on tarkoitus kirjoittaa kirja eräästä ammoin maahan muuttaneesta venäläisestä säveltäjästä. Koti-ikävästä poteva ohjaajan alter ego kohtaa matkoillaan kylähullun nimeltä Domenico (Erland Josephson), joka ennustaa maailmanloppua.
John Murdoch herää yksin vieraassa hotellihuoneessa puhelimen soittoon. Tuntematon ääni ilmoittaa Johnin olevan etsintäkuulutettu julmista sarjamurhista. Murdoch menee paniikkiin; hän ei muista lähimenneisyydestään mitään, ei edes kuka hän on! Onko hän raakalaismainen murhaaja? Joku on vienyt hänen muistinsa ja jättänyt kuitiksi vain pienen haavan otsaan.
The Tree of Life on ylistys elämälle. Se tutkii ihmiselämän piinaavimpia ja henkilökohtaisimpia kysymyksiä niin intiimin kuin kosmisenkin kaleidoskoopin läpi. Elokuvan impressionistinen tarina kertoo Yhdysvaltain Keskilännessä 1950-luvulla asuvasta perheestä. Tarinassa seurataan perheen vanhimman pojan elämänkaarta lapsuuden viattomuudesta aikuisuuden pettymyksiin hänen yrittäessään käsitellä monimutkaista suhdetta isäänsä (Brad Pitt). Jack (jota aikuisiällä esittää Sean Penn) tuntee olevansa modernissa maailmassa eksynyt sielu, joka etsii vastauksia kysymyksiin elämän alkuperästä ja tarkoituksesta. Malickille ominaisten kuvastojen kautta saamme nähdä, miten sekä luonto että henkisyys muovaavat paitsi yksilöiden ja perheiden elämää, myös kaikkea elämää.
Halloween 1997 on viimeinen lukion ilta Coreylle, Jangolle ja heidän jengilleen Gromitseille. Lapsuus on ohi ja aikuisuus odottaa. Coreyllä on kuitenkin menneisyydessään selvitettävää. Kun hän kohtaa entisen lapsuudenystävänsä Jonahin, jota Jango on julmasti kiusannut, Corey säälii ystäväänsä ja lupaa saattaa hänet kotiin vanhojen aikojen muistoksi.
Nuori miljoonaperijä Simon Cable (Ryan Philippe) herää sairaalassa vuonna 2002. Ongelmana on, että hänen viimeinen muistikuvansa on kahden vuoden takaa. Siinä välissä Simon on ilmeisesti mennyt naimisiin, hankkinut rakastajattaren ja menettänyt veljensä Peterin (Robert Sean Leonard) onnettomuudessa. Vaimo Anna (Piper Perabo) sekä rakastajatar Claire (Sarah Polley) vierailevat vuorotellen hämmentämässä Simonin jo valmiiksi umpipihalla notkuvaa päätä. Ikään kuin tämä ei jo riittäisi, alkaa Simon myös mystisesti hyppiä kahdella aikatasolla, pystyen vaikuttamaan molempien tapahtumiin. Taustat ja motiivit aukenevat vähä vähältä niin Simonille kuin katsojallekin.
Yhdeksänvuotias Sam Paretta on kuollut lento-onnettomuudessa. Vaikka tapahtumasta on kulunut yli vuosi pojan äidin, Tellyn, suru ei hellitä. Eräänä päivänä Tellyn aviomies väittää yllättäen, ettei heillä koskaan ole ollutkaan lasta. Myös psykiatri julistaa Tellyn harhaluuloiseksi. Kaikista pahinta on kuitenkin Samin olemassaolosta todistavien asioiden mystinen katoaminen. Muistojensa riivaama Telly alkaa metsästää totuutta, ja vähitellen hänet ympäröi pimeä ja pelottava yliluonnollinen salaliitto...
On olemassa pahempia asioita kuin pelätä asunnossasi yksin olemista - se ettet yhtäkkiä olekaan yksin... Jokin uhkaava on valtaamassa Ginan maailman. Jokin, joka ei pelkästään raivoa hänen painajaisissaan, vaan se tunkeutuu myös hänen todellisuuteensa. Kun Gina tajuaa karun todellisuuden, on jo liian myöhäistä.