Vodca Rakeťákov, Giovanni, konečne dopátral. V odľahlej oblasti regióne Johto našiel Mewtwoa, ktorého sa okamžite snaží odchytiť. Ash a jeho priatelia sú unesení Dominou, novou členkou Rakeťákov, a zároveň sa snažia zachrániť Pikachua, ktorého zase majú Jessie a James. Klonovia Pokémonov sú tiež odchytený, a tak sa stávajú návnadou pre Mewtwoa. Nastáva bitka medzi Mewtwo a Giovannim. Ako toto len môže dopadnúť?

Ash, Misty a Tracey sa rozhodli zobrať všetkých svojich Pokémonov a vyraziť niekam. Počas spánku Togepi spadne zo strmého kopca a zmizne v diere. Za Togepi sa vyberú Pikachu, Bulbasaur, Squirtle, Marill, Venonat a Psyduck. Skončia na obrovskom strome, kde sa zdá, že v ňom predtým žil Pikachu.

Pikachu sa stretáva s bratmi a vydáva sa s nimi na dobrodružstvo mestom, pričom sa pokúša dostať späť do budovy, kde je zvyšok Ashových Pokémonov.