Takatoshi Minamiyama studiuje sztukę na uniwersytecie w Kyoto. Jadąc pociągiem na uczelnię, chłopak dostrzega Emi Fukuju i zakochuje się w niej od pierwszego wejrzenia. Wiedząc, że taka okazja może się już nie powtórzyć, Takatoshi zbiera się na odwagę i rozpoczyna rozmowę z niedawno spotkaną dziewczyną. W taki oto sposób zaczynają się ze sobą umawiać. Para cieszy się każdym wspólnie spędzonym dniem, jednakże niespodziewanie Emi wyjawia Takatoshiemu swój sekret.

Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają kontroli nad Japonią - odmowa oznacza totalną zagładę, której dokonać ma sterowany przez nich Król Ghidorah. Niszczycielskiemu atakowi potwora może stawić czoła tylko Godzilla.

Troje znajomych odnajduje gigantyczny aparat robiący automatycznie jedno zdjęcie dziennie, które ukazuje to, co się zdarzy dokładnie dobę później.

Jest rok 1348. Dziewięcioletni Griffin z angielskiej osady górniczej zagrożonej panującą wokół morową zarazą ma prorocze sny, w których powtarza się obraz miasta z zaświatów. Chłopiec opowiada o swoich wizjach ukochanemu bratu, Connorowi. Uznają, iż jest to sygnał od Boga, wskazanie na sposób uratowania ich wioski przed zagładą. By Bóg uchronił wioskę przed zarazą, grupa górników z Griffinem na czele wyrusza w ryzykowną ekspedycję na poszukiwanie miasta z koszmarnego snu. Ich zadaniem będzie zatknięcie krzyża na wznoszącej się tam katedrze. Podróż w głąb Ziemi wyprowadza ich na Antypody, do Auckland, wielkiego, nowoczesnego miasta w Nowej Zelandii, Anno Domini 1988.

Bohaterowie pierwszej części filmu, Borman i Czerep, biorą udział w rekontrukcji jednej z bitew II wojny światowej. Nieoczekiwanie, wraz z dwoma Ukraińcami, Taranem i Sierym trafiają w środek piekła operacja lwowsko-sandomierskiej. Muszą nie tylko przeżyć, ale też uratować przyszłość.