일본의 전국시대. 주민들은 황폐한 땅에서 어렵게 수확한 식량으로 한해 한해를 넘기는 빈촌에 살고 있다. 이 빈촌엔 보리 수확이 끝날 무렵이면 어김없이 산적들이 찾아와 모든 식량을 모조리 약탈해 간다. 싸워도 애원해도 소용이 없었다. 가만히 있을 수만은 없던 촌장의 결단으로 사무라이들을 모집하는데, 이들은 풍부한 전쟁 경험을 가진 시마다 칸베에를 포함한 7명이었다. 시마다의 지휘하에 마을은 방위태세를 갖추고 전투훈련도 시작한다. 이윽고 산적들의 공격이 시작되어 치열한 사투가 벌어진다.

전란이 난무하는 헤이안 시대, 폭우가 쏟아지는 라생문의 처마 밑에서 나뭇꾼과 스님이 심각한 표정으로 생각에 잠겨 있다. 잠시 비를 피하러 그곳에 들른 한 남자. 이들은 이 남자를 상대로 최근에 그 마을에 있었던 기묘한 사건을 들려준다. 사건의 배경은 녹음이 우거진 숲 속. 사무라이 타케히로가 자신의 아내 마사코와 함께 숲 속을 지나고 있었다. 산적 타조마루는 그들 앞에 나타나 속임수로 타케히로를 포박하고 마사코를 겁탈한다. 오후에 그 숲에 들어선 나뭇꾼은 타케히로의 가슴에 칼이 꽂혀있는 것을 발견하고 관청에 신고한다. 타조마루는 체포되고, 행방이 묘연했던 마사코도 불려와 관청에서 심문이 벌어지는데...

전쟁에서 이기고 성으로 돌아가던 와시즈는 산속에서 길을 잃고 헤매다가 마녀를 만난다. 마녀로부터 새 영주가 될 것이라는 예언을 들은 와시즈는 갈등에 휩싸이다 결국 영주를 죽이고 권력을 차지하는데...

조국과 명예를 위해 목숨을 걸고 전장터를 누볐던 네이든 알그렌 대위. 그러나 남북전쟁이 끝난 후, 세상은 변했다. 용기와 희생, 명예와 같은 군인의 덕목은 실용주의와 개인의 이익을 추구하는 시대 흐름에 밀려 설 자리를 잃게 되고, 그가 참여했던 전쟁의 명분조차 퇴색해버리자 알그렌은 허탈감에 빠진다. 그리고 지구 반대편에선 또 한명의 무사가 가치관의 혼란 속에 갈등을 겪고 있었다. 황제와 국가에 목숨 바쳐 충성해온 사무라이의 마지막 지도자 카츠모토가 바로 그. 미국이 신문명의 조류 속에서 변혁의 소용돌이에 휘말려있던 그 시기에, 일본의 전통 문화 역시 서양 문물의 도입으로 개혁의 홍역을 앓고 있었다. 새롭게 도입된 철도와 우편제도는 사무라이가 수세기 동안 목숨 걸고 지켜온 가치관을 뒤흔들어 놓고 있었던 것이다. 그러나, 카츠모토에게 전쟁 없는 삶은 곧 죽음이었다.

‘자토이치’는 도박과 마사지로 생계를 이어가는 맹인 방랑자. 하지만 이 남루한 행색의 사내에겐 외모와는 달리 신기에 가까운 능력이 있다. 번개처럼 빠르고 한치의 오차도 없이 상대를 찌르는, 전광석화 같은 검술이 그것! 민심이 흉흉한 어느 마을에 당도한 자토이치. 그는 도박장에서 비밀스러운 게이샤 자매를 만난다. 치명적인 미모를 지닌 ‘오키누’와 그녀의 동생 ‘오세이’는 아버지의 원수를 갚기 위해 신분을 위장한 채 주점에서 일하고 있다. 한편, 마을에 군림한 채 온갖 악행을 저지르는 ‘긴조’는 숙적들을 처단하기 위해 떠돌이 무사인 하토리’를 고용하기에 이른다. 맹인 검객, 게이샤 자매, 떠돌이 무사. 이제 이들은 결코 피할 수 없는 숙명적인 대결 앞에 서게 되는데.

전 세계에 산업혁명의 물결이 밀어닥쳐 근세에서 근대로 넘어가는 19세기~20세기 무렵, 갑자기 불사의 괴물이 나타났다. 강철 피막으로 덮인 심장을 꿰뚫지 않는 한 죽지 않고, 그에 물린 자는 같은 괴물이 되어 사람을 덮친다고 한다. 훗날 '카바네'라 불리게 되는 괴물은 폭발적으로 증식하여 전 세계를 뒤덮어 갔다. 극동의 섬나라인 히노모토(日ノ本)에서는, 카바네의 위협에 맞서 전선을 뚫고있던 두꺼운 장갑으로 덮인 장갑 증기기관차(통칭 준성(駿城))중 하나인 갑철성(甲鉄城)에서 살아남은 이코마 일행은 카바네와 인간의 공방전의 땅, 동해에 밀접해 있는 폐역 「해문(海門)」에서 현로(玄路), 호락(虎落), 해문의 주민들과 「연합군」을 결성, 카바네 격퇴의 대책을 세우고 있었다. 그런 와중, 이코마(生駒)는 해문의 카바네가 통제된 집단 행동을 하는 특징이 있음을 알게 된다. 그 사실을 연합군에 보고하는 이코마였지만, 상대되지 않고 오히려 카바네리라는 이유로 연합군으로부터 억압되고 만다. 이에 분노에 휩싸여 냉정함을 잃은 이코마는 단신으로 적진에 쳐들어갈 것을 결심한다. 한편, 무메이(無名)는 지금까지 자신을 이끌어준 이코마에게 지금까지와는 다른 감정이 싹트기 시작한다. 하지만 그곳에 이코마가 단신으로 적진에 쳐들어간다는 소식이 들려오게 되는데──. ──새롭게 시작된 카바네와의 싸움. 그리고 무메이와 이코마의 운명은!?

타타라는 최고의 강철을 만드는 마을이다. 강철의 장인으로 선택된 ‘고스케’는 사무라이가 되고 싶어 ‘오다 노부나가’의 부대에 들어가지만 참혹한 전쟁을 겪고 마을로 돌아온다. 전쟁의 시대, 무기가 필요한 부대가 강철을 노리고 마을로 쳐들어 온다. ‘고스케’는 방어막을 세우고 마지막 대결을 준비한다. 정통 사무라이 액션을 기대하라!