Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Marnien tarina sijoittuu Japanin pohjoiselle Hokkaidon saarelle. 12-vuotias Anna on tätinsä talossa asuva ujo orpotyttö. Yhtenä iltana Anna löytää aution rantahuvilan, jonka ikkunassa vilahtaa hahmo. Kun tyttö nimeltä Marnie eräänä yönä hiipii ulos huvilasta, alkaa ainutlaatuinen ystävyys.

Viktoriaaniseen Englantiin sijoittuvat tapahtumat kertovat Rei- nimisestä nuorestatiedemiehestä. Ensimmäinen maailmannäyttely on ovella, kun Rei saa yllättävän lahjanisoisältään, Roidilta. Höyrypallo, jonka Roid on lähettänyt Reille, pitää sisälläänuskomattomia voimia. Nämä voimat voivat olla hyvin tuhoisia väärissä käsissä, joitaedustaa höyrypalloa tavoitteleva häikäilemätön ja salaperäinen Ohara Foundation.

Richard Clark on idealistinen opettaja arvostetussa Wellington Academyssa. Hän siirtyy uusien haasteiden pariin Marin Barry -lukioon, jolla on muun muassa oma hautausmaa ja jossa sanalla sanoen heikkotasoiset oppilaat olisi saatava ruotuun ja heidän arvosanansa uuteen lentoon. Siinä ohessa Richard yrittää saada charminsa puremaan erääseen viehkoon kollegaan.