우주선 발굴작업중이던 루터는 파괴와 살인 본능으로 무장한 `둠스데이`가 깨어나고 만다. `둠스데이`를 막던 수퍼맨은 숨을 거두게 되고 수퍼맨이 사라진 도시엔 범죄가 증가한다. 얼마 후 루터에 의해 복제된 수퍼맨이 다시 등장해 모두가 환영하지만 예전과는 사뭇 다른 수퍼맨의 모습에 사람들은 의아해 하는데...

가까운 몇 년 후, 기업들이 모든 것을 제어, 감시하는 사회. 임신한 아내를 차에 태우고 밤길을 가던 루크 깁슨이 교통사고를 당한다. 극심한 뇌 손상에 보험 만료인 그는 가망 없는 환자들이 가는 F병동으로 배치되지만 호프 산업의 특별 수술 팀에 의해 가까스로 살아난다. 병실에서 깨어난 그는 아내의 죽음 소식을 듣지만 과거를 기억하지 못하고 그의 머리 속은 계속되는 광고 동영상과 환영으로 혼란스럽다. 의사를 찾아간 그는 머리 속에 싸이컴 두뇌 내장 칩이 장치되었다는 것을 알게 되고, 호프 산업의 총책임자 버질 커릴은 이런 그의 모든 일거수일투족을 감사한다. 루크는 바로 호프 산업의 프로젝트 660에 피실험자 중 한 사람이었던 것. 한편 인류를 조정할 새로운 방식인 두뇌 속의 컴퓨터를 해킹하는 비밀 조직의 리더 할은 위험에 처한 루크를 자신들의 은신처로 데려오고 호프 산업의 만행에 맞서자고 한다. 그들은 사이버 공감에 남은 그의 삶의 흔적을 더듬어 기억을 되찾아 주고자 노력하고, 루크는 자신의 과거를 훔쳐간 그들에게 복수하기로 하는데...