Après avoir semé le trouble au Kazakhstan, le général Alexander Radek est capturé par un commando russo-américain et jeté en prison. Trois semaines après, le président américain John Marshall reçoit un accueil triomphal à Moscou et lance une solennelle déclaration de guerre au terrorisme. Alors qu'il rentre à Washington à bord de l'Air Force One en compagnie de sa femme, de sa fille et de son cabinet, des terroristes investissent l'appareil et séquestrent les passagers.

Aux abords du Kilimandjaro, le « Berceau de la Vie » abrite le plus mystérieux et le plus terrifiant des fléaux : la Boîte de Pandore, dont les germes pourraient en quelques heures anéantir l'Humanité. Au moment où Lara Croft, l'archéologue de charme, s'apprête à prendre possession de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor, un commando chinois fait irruption dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée de la mort par ses fidèles assistants Bryce et Hillary, l'aventurière regagne son manoir, où elle reçoit bientôt la visite de deux émissaires du MI 6. Elle apprend ainsi que le commanditaire des tueurs et de leur chef Chen Lo n'est autre que le Dr Jonathan Reiss, un mégalomane cynique, soupçonné de fournir des armes biologiques high-tech aux plus offrants…