Mardock Scramble inscena una storia di vendetta e ritorno dalla morte, in un futuro dove l'avanzatissima tecnologia è soggetta a grandi restrizioni, imposte dopo una terribile guerra che ha condotto il mondo nel caos. Nella città di Mardock, sui gradini che portano al "Paradiso", qualcuno segue il destino della giovane prostituta Rune Balot, arsa viva dal suo sfruttatore. Rune viene riportata in vita dal dottor Easter e dal suo aiutante dalle sembianze di un topo, Eufcoque, grazie a una tecnologia proibita. Questa "cura" l'ha trasformata in una potentissima arma letale, e ora la ragazza va in cerca della sua vendetta contro Shell e il suo compare Boiled.
L'eccitante storia di un triangolo amoroso carica di odio e tensione. Due amiche che amano lo stesso uomo finiscono per scontrarsi e combattersi; le due fanno parte di un'unità speciale di polizia e sono grandi esperte di arti marziali: lasceranno sulla loro strada una lunga serie di cadaveri...
Mary è una killer professionista che lavora al saldo di una famiglia criminale di Boston. La sua esistenza è completamente sconvolta quando, durante un incarico andato a male, la sua strada incontra quella di un ragazzino.