Tenk deg at virkeligheten er en drøm - denne tanken forfølger Thomas Anderson (Keanu Reeves). Thomas lever et dobbeltliv. Om dagen er han ansatt i et stort datafirma, om natten er han hackeren Neo, en langer av virtuelle fantasier. Etter en arbeidsøkt i den digitale gråsonen våkner Neo av at noen kontakter ham via dataskjermen. Like etter blir Neo arrestert. Agent Smith ser på den unge dataeksperten som en trussel, og Neo blir enda mer forvirret. Først når han treffer Morpheus (Laurence Fishburne), begynner bildet å bli skapt. Morpheus forklarer Neo hvilken rolle han må spille for å bekjempe "Matrix" - et altomfattende fenomen som angår hele verdens befolkning. Sannheten er mer utspekulert enn noen kan fatte.
Handlingen utspiller seg i Storbritannia i nær fremtid. Alex (Malcolm McDowell) er medlem av en gjeng med tenåringer som forlyster seg med overfall, voldtekt og drap. Etter et alvorlig oppgjør i gjengen blir Alex utstøtt, banket - og etterlatt til politiet. For å redusere fengselsstraffen sier han seg villig til å bli med på et eksperiment for å kurere hans drift mot de kriminelle miljøene. Etter sonet dom slipper han ut som et nytt menneske - men hans gamle miljø står klar og vil ønske han velkommen på sin helt spesielle måte...
Sarah Connor er en helt vanlig jente. Hun arbeider som servitør på en cafè og tror at livet er ganske vanlig - helt til hun møter Kyle Reese. Han påstår at han er fra fremtiden, og at han forsøker å redde livet hennes fra en fryktelig drapsmaskin som også er sendt tilbare fram fremtiden for å drepe henne. Til å begynne med tror ikke Sarah på den forvirrede mannen, men så snart den grusomme drapsmaskinen åpenbarer seg - forandrer dette seg raskt. Og Sarah må begynne sin kamp for å overleve.
Sin City myldrer av kriminelle, tvilsomme politimenn, sexy kvinner, enten på jakt etter hevn eller forsoning, eller begge deler for den saks skyld. Hartigan er en politimann med et mekanisk hjerte og en ekstra beskyttende arm rundt den vakre stripperen Nancy. Marv, en utstøtt menneskehater på oppdrag for å hevne drapet på sin eneste kjærlighet, Goldie, mens Dwight, den hemmelige elskeren til Shelley, tilbringer nettene med å forsvare Gail og hennes "Old town girls" fra Jacke Boy, en snuskete purk med en sterk forkjælighet for vold.
Neo og lederne av den menneskelige motstanden oppdager at Sentinels holder på å grave vei mot Sion. De beregner at de kanskje bare har 72 timer til angrepet må ta plass, og Neo må derfor returnere tilbake til the Matrix og finne nøkkellageren slik at de kan få tilgang til hovedmaskinen for å sikre menneskelig overlevelse.
Meteoritter med fremmede vesener slår plutselig ned på jorden. Trusselen fra disse naboene i verdensrommet blir etterhvert påtrengende, og menneskeheten mobiliserer all sin kraft mot den nye fienden. Med stolte propaganda-filmer verver hæren unge rekrutter direkte fra college, der elevene har benyttet biologitimene til å studere fienden. Johnny Rico og venninnen Carmen lar seg verve til den føderale arméen. Begge er lykkelig uvitende om hva som venter. De blir sendt ut som barske soldater, men møter et overveldende og ukjent helvete... på planeten til de fremmede vesenene.
Etter Atomkrigen er verden delt inn i tre stater. London er hovedstaden i Oceania, som styres av et parti med total kontroll over alle borgerne. Winston Smith er en av byråkratene i Sannhetsministeriet, og hans jobb er å omskrive historien. En dag bryter han loven ved å forelske seg i Julia. De forsøker å flykte fra Storebrors ører og øyne, men ingen slipper unna.
Neo. Trinity. Morpheus. De og andre helter står på randen til seier eller tilintetgjørelse i den episke krigen mot maskinene i det overveldende siste kapittelet av Matrix-trilogien. For Neo betyr det å reise dit intet menneske har våget seg – inn i hjertet av Machine City og inn i en verdensomveltende konfrontasjon med det mange ganger sterkere forræderprogrammet Smith.
I en mørk og regnfull storby hvor kriminaliteten herjer på sitt verste er det ingenting som holder Marv igjen fra å oppnå sine mål. Dwight blir kontaktet av en tidligere elsker som ønsker å slippe unna sin voldelige ektemann mens Johnny konfronterer byens ledende gangster. I mellomtiden forsøker stripperen Nancy å bearbeide sin mentors selvmord mens hun planlegger hevn mot senator Roark.
Etter å ha blitt forvist fra den mest avanserte byen i post-apokalyptiske Australia, reiser en omstreifer med en gruppe forlatte barn for å gjøre opprør mot byens dronning.
Toorop (Vin Diesel) har utkjempet mange slag og overlevd krigene som har herjet verden siden tidlig i det 21. århundre. Mafiaen som kontrollerer Øst-Europa gir den erfarne leiesoldaten et meget risikabelt oppdrag: Å eskortere en mystisk, tvillinggravid kvinne til New York. Alle er ute etter tvillingene.