Há já dez anos que Ben e Leslie vivem nas florestas selvagens do Pacífico Norte com os seus seis filhos menores. Separados do resto do mundo, decidiram criar ali um paraíso onde as crianças pudessem crescer livres e em total harmonia com a Natureza. Guiados pelos próprios pais, cada uma delas recebe uma educação exigente onde nada é deixado ao acaso, desde a arte, literatura, matemática, exercício físico ou técnicas de sobrevivência. Um dia, Leslie é hospitalizada e acaba por morrer. Obrigado a deixar a floresta e regressar à civilização para a cerimónia fúnebre da mulher, Ben vai descobrir que, ao educar os filhos daquele modo tão peculiar, acabou por criar um fosso entre eles e os outros. Assim, à medida que todos se tentam adaptar a uma nova realidade, este pai vê-se obrigado a reavaliar as decisões que antes considerara absolutamente acertadas.

Em um mundo alternativo moldado por super-heróis, os outrora celebrados "aventureiros fantasiados" foram banidos por uma sociedade desencantada com os vigilantes. Agora, em 1985, o assassinato do Comediante, um herói que se tornou agente do governo, chama a atenção de Rorschach, o último dos vigilantes banidos. A investigação de Rorschach envolve seus colegas aposentados, Nite Owl, Silk Spectre, Dr. Manhattan e Ozymandias, em um conflito com seus passados, uns com os outros e em um mistério que ameaça suas vidas e um mundo à beira da guerra.

Bruce Wayne retorna para casa depois de anos para se tornar um combatente do crime, enquanto o Tenente James Gordon se muda para Gotham e encontra a corrupção em todas as esferas da administração. Quando Bruce se transofrma no vigilante mascarado Batman, a cidade entra em colapso, com a nova arqui-inimiga do herói, a Mulher-Gato, a máfia e mesmo Gordon, fazendo com que suas vidas se cruzem de forma inesperada.

O explorador Bruce Wayne acidentalmente desencadeia um antigo mal e retorna a Gotham depois de estar ausente por duas décadas. Lá, Batman luta contra as forças sobrenaturais de Lovecraft e encontra aliados e inimigos como o Arqueiro Verde, Ra's al Ghul, Mr. Freeze, Killer Croc, Two-Face e James Gordon.

Um vigilante mascarado surge para atacar a impunidade que permite que políticos e donos de empreiteiras enriqueçam às custas da miséria e do trabalho da população brasileira. A história do homem por trás do disfarce de "Doutrinador" envolve uma jornada pessoal de vingança na qual um agente traumatizado decide fazer justiça com as próprias mãos.