넘치는 유머, 감쪽 같은 위장술, 똑소리 나는 브레인! 날 때부터 남달랐던 악동 펭귄 스키퍼, 코왈스키, 리코, 프라이빗! 어느 날 그들 앞에 복수심에 불타는 문어박사 옥토브레인이 나타나고, 그의 거대한 음모를 알게 된 펭귄 4총사는 비밀 조직 ‘노스윈드’와 함께 세상을 구할 사상 최대의 작전을 펼치는데…!

험난한 절벽을 아슬하게 올라가는 등 상상 속 모험을 즐기는 토미와 친구들 릴과 필, 척키, 그들은 기저귀를 차고 다니는 꼬마 악동들. 토미의 가족들은 태어날 동생을 위한 새 단장을 마치고 아기 환영 파티로 분주하다. 꼬마 악동들은 기다리는 동생이 오지 않자 길을 잃어버려 늦는 것이 아닌가 걱정한다. 파티 중 갑작스런 진통 때문에 토미 엄마는 병원으로 옮겨지고 모든 가족과 이웃들이 출산을 기다린다. 엄마의 진통을 지켜보던 꼬마 악동들은 동생이 길을 잃어버려 엄마가 슬퍼하신다고 생각, 엄마가 좋아하는 예쁜 아기를 고르자며 신생아실에 몰래 숨어들어간다. 수많은 아기들의 시끌벅적한 울음 소리를 들으며 넋을 잃고 있을 때 동생이 태어난다. 토미는 동생 딜이 터어나자 모든 것이 달라졌음을 깨닫는다. 부모님의 모든 사랑과 관심을 밤낮 울어대는 딜에게 빼앗기고, 꼬마 악동들도 고집투성이 딜로 인해 모든 놀이에 흥미를 잃는다. 그들은 결국 토미를 위해 딜을 병원에 돌려주고 돈을 되 려 받기로 결심한다. 꼬마 악동들이 딜을 토미 아빠가 만든 렙타르 장갑차에 함께 태우면서부터 꼬마 악동들의 험난하고 아슬아슬한 모험이 시작된다.