Una covata di pesci pagliaccio viene distrutta dall'attacco di un feroce barracuda. Sopravvivono solamente il papà, Marlin, e un unico piccolo che viene chiamato Nemo. Il pesciolino ha una pinna atrofizzata e il padre è iperapprensivo nei suoi confronti al punto di desiderare che l'inizio della scuola venga ritardato. Un giorno però Nemo viene catturato da un dentista appassionato di pesca subacquea e l'acquario sarà la sua prigione. Marlin deve quindi vincere tutti i suoi timori per ritrovarlo. Verrà aiutato da Dory, una pesciolina simpaticamente smemorata.

Una congiunzione provoca l'apertura di un varco attraverso cui una forza penetra nel nostro universo. Gli antichi egizi lo sapevano, ed anzi erano i custodi dell'arma capace di arrestarla, basata sulla fusione dei quattro elementi primari: terra, acqua, fuoco e aria, e di un quinto elemento. Ma agli inizi del ventesimo secolo scendono sulla Terra i Mondoshawan, esseri superiori e benefici che portano via l'arma, promettendo di restituirla. Il momento arriva nel 2259, quando il passaggio si riapre e l'universo è di nuovo minacciato. I Mondoshawan rispediscono sulla Terra l'arma con il quinto elemento, l'amore, incarnato in Leeloo, ma l'astronave viene intercettata e distrutta dai Mangalore. Fortunatamente dal relitto vengono estratti resti sufficienti a clonare la ragazza, ma la nuova Leeloo non ricorda nulla di sè nè del compito che l'attende. Fuggendo si imbatte nel tassista Korben Dallas, che l'aiuterà a recuperare gli altri quattro elementi e a salvare il mondo.