Napriek zákazu svojho otca Nemo hneď prvý deň v škole opúšťa bezpečie korálového útesu a vydáva sa do hlbokej vody, aby kamarátom dokázal svoju odvahu. Nanešťastie ho odchytí športový potápač a Nemo skončí v akváriu v prístavnej zubnej ordinácii v Sydney. Jeho nešťastný otec s pomocou modrej korálovej rybky Dory, trpiacej stratou krátkodobej pamäti, vypláva na jeho záchranu. Cestou čelia mnohým nebezpečenstvám a stretajú najrozličnejších obyvateľov morských hlbín. Medzitým Nemo spolu s ostatnými obyvateľmi akvária – pračudesnou partiou morských tvorov – pripravuje plán úteku späť do mora.

Na Zem priletí kozmická loď a kontakt s ním nadviažu príslušníci mondoshawanskej civilizácie, aby si odniesli magické kamene, ktoré symbolizujú štyri živly (elementy), a sochu Najvyššej bytosti, ktorá jediná môže bojovať s Absolútnym zlom, ktoré sa na Zemi objavuje každých päťtisíc rokov. O 300 rokov neskôr sa vo vesmíre objavila stále sa zväčšujúca čierna diera - prichádza Absolútne zlo, ktoré môže zničiť svet. Jediný, kto o tom vie, je starý kňaz, strážca kľúča od tajného vchodu do svätyne. Mondohawania prichádzajú zachrániť svet, ale ich raketu zničí zástupca Absolútneho zla, magnát a vynálezca so zvrátenou životnou filozofiou Zorg. Vedcom sa podarí zrekonštruovať posledného živého mimozemšťana do podoby krásneho dievčaťa Leeloo, tá im však utečie. Súčasného newyorského taxikára Korbena Dallasa donúti, aby jej pomohol nájsť magické kamene. Tie musia rozostaviť do príslušnej konjunkcie s jedinou možnou zbraňou proti Zlu, s piatym elementom, ktorým je práve Leeloo.