نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
شیکاگو، سال ۲۰۳۵. روبات ها در همه جا به عنوان کارگر یا پیشخدمت به کار گرفته شده اند. در حالی که به سه قانون روباتی پای بند هستند که ظاهرا باعث می شود به آدم ها لطمه ای نزنند. تا این که کارآگاه ویژه ی جنایی به نام «دل اسپونز» (اسمیت) به شدت به روبات ها شک می کند و سرانجام رودرروی روباتی به نام «سانی» می شود که تکامل پیدا کرده و به ضوابط «سه قانون روباتی» پای بند نیست...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
سرآغاز جنگ جهانی سوم است. در ایالت‌های میانی آمریکا، گروهی از نوجوانان با هم متحد می‌شوند تا از شهر و کشورشان در برابر نیروهای شوروی دفاع کنند.
بیشتر موجودات کره زمین مرده‌اند و بازماندگان هم بخاطر تهاجم موجودات ناشناخته مجبور هستند که در شهرهای حفاظت شده زندگی کنند. زمین تقریبا تبدیل به یک ویرانه شده و مورد هجوم موجودات بیگانه‌ای قرار گرفته است که بوسیله‌ی یک شهاب سنگ به زمین آمدند و برای همه موجودات سیاره یک خطر بزرگ محسوب می‌شوند. آکی راس تلاش می‌کند به دکتر سید و کاپیتان گری ادوارد و گروهش کمک کند تا بصورت غیر نظامی از شر این موجودات ناشناخته خلاص شوند اما…