Durante una battaglia con il Dr Animus, la distruzione da parte di Ben della "bomba DNA" dello scienziato attiva accidentalmente un protocollo di autodistruzione dell'Omnitrix. La sua attivazione allerta Tetrax, che raggiunge la Terra per andare a prendere Ben
Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...
Facciamo un bel salto in avanti nel tempo, fino alla metà del XXI secolo. Il terrestre Davidge (Quaid) va all'assalto dell'alieno Jeriba (Gossett jr.), un "Dracon" che è entrato con la propria navetta spaziale nell'orbita che non gli competeva. Tutti e due precipitano sul pianeta Fyrine IV, spettrale ambiente con due soli e sei lune, abitato da carnivori umani. A questo punto, è giocoforza mettere da parte gli antichi rancori e passare alla reciproca collaborazione, ma anche così i pericoli sono tutt'altro che cessati.
Johnny, trovato esanime vicino al corpo della fidanzata straziato da un maniaco, viene ibernato. Anni dopo, due universitari lo tolgono dal suo box per scommessa: Johnny è diventato uno zombi e strani esseri che si annidano nel suo cervello diffondono rapidamente in città il "contagio".
Alex è un ragazzo bravissimo nei videogiochi. Per questo l'extraterrestre Centauri (Preston) lo porta sul suo pianeta e gli propone di combattere sulle astronavi della Lega Stellare contro la flotta di Xur, un perfido ribelle. Alex rifiuta per restare vicino agli affetti terrestri, ma Xur ormai gli dà la caccia. Accetta così la proposta di Centauri e, addestrato da un vecchio e bizzarro pilota, sgomina i ribelli.
1975, una notte sulle White Mountais, Arizona. Tre boscaioli viaggiano sulla strada che conduce a Snowflake quando si fermano colpiti da un improvviso intenso bagliore. Deciso a scoprire di cosa si tratti, uno di loro, Travis Walton, esce dalla macchina e avvicinatosi alla luce viene risucchiato da un fascio luminoso. I suoi compagni che hanno assistito impotenti alla scena fuggono terrorizzati. In paese, nessuno crede al loro racconto, e la polizia, dopo avere infruttuosamente battuto a tappeto la zona in cui Travis è scomparso, conclude che i taglialegna hanno commesso un omicidio ed occultato il cadavere. Poi, dopo una settimana, Travis riappare, confuso e allucinato, incapace di ricordare. Quando finalmente recupera le forze, il giovane racconta un'incredibile storia: dice di essere stato rapito da un UFO e sottoposto ad una serie di esami clinici da parte dei suoi occupanti.
Una terribile minaccia grava sul pianeta: l'invasione per nulla pacifica di una specie aliena. Il Pentagono decide di fronteggiarla con la sua arma segreta, la più potente: una collezione di mostri, per la verità piuttosto imbranati. Sono Insettosauro, Anello Mancante, il professor Scarafaggi. B.O.B. e... Susan, una semplice ragazza che, in seguito a un esperimento, ha raggiunto la statura di 30 metri. Saranno loro a scatenarsi in una battaglia epocale contro il titanico UFO invasore.
Jimmi Neutron sta cercandio di stabilire un contatto con una civiltà aliena. A sua insaputa, il satellite che ha lanciato (ok è un tostapane, ma funziona) è stato effettivamente intercettato dagli alieni.....
La famiglia Morris, si reca in montagna per una vacanza. Ben presto capiranno che il navigatore ha sbagliato strada e che una forza non umana è pronta per perseguitarli.
L'estate è ormai finita e anche per Ben, ragazzino di 10 anni diventato eroe grazie al ritrovamento dell'Ominitrix, un misterioso orologio che lo trasforma in dieci diversi eroi alieni, è giunto il momento di tornare alla vita di sempre, tra famiglia, scuola e amici. Ma il pericolo, si sa, è sempre dietro l'angolo, ed è bene stare in allerta. In agguato infatti c'è il terribile Eon, nemesi del giovane eroe giunto sulla Terra da un'altra galassia per impossessarsi dell'Ominitrix e distruggere il mondo. Anche stavolta il nostro Ben, grazie alle sue dieci trasformazioni aliene e all'aiuto del caro nonno Max e della saggia cuginetta Gwen, non potrà esimersi dal lottare per cercare di salvare il nostro pianeta: sarà una vera e propria corsa contro il tempo che lascerà tutti senza fiato.
Il giovane Ace, amante del rock nel suo significato più genuino, si trova a prendere le difese della band di Guitar Wolf al termine di un concerto. Il gruppo fracassone, infatti, si trova nei guai col proprio manager, che perderà un paio di dita nel "diverbio". Guitar Wolf ringrazierà il ragazzo donando a quest'ultimo un fischietto da utilizzare come richiamo per far accorrere la band casomai avesse bisogno di aiuto. Ace decide quindi di lasciare il locale ma, sulla via del ritorno, nota che deve essere successo qualcosa di strano nella sua città: un'orda scatenata di zombie sta infatti assediando le strade. Fermato da un gruppo di loro, il giovane si ricorda del fischietto e lo usa per richiamare la band al completo. Da qui in poi partirà la carneficina alla quale si aggiungerà Tobio, una ragazza di cui il giovane si innamorerà e di cui scoprirà un particolare solo alla fine...
Mentre sta per sparare sulle ultime uova di critters, Charlie (Don Keith Opper) riceve un avviso in cui si comunica che sarebbe illegale farlo perché porterebbe all’estinzione la razza. Gli viene inviata una capsula dove inserire le uova, ma ci finisce dentro anche lui e va alla deriva nello spazio. Cinquantantre anni dopo, un team di recuperatori di relitti arriva su una base spaziale ancora funzionante benché apparentemente deserta. Il capo del team Rick (Anders Hove) ha un piano personale in mente: recuperare il prezioso carico della base e filarsela. Nel farlo però apre la capsula e trova Charlie, che si risveglia. Trova anche i critters, che lo uccidono e si disperdono per la base, famelici come sempre.
Mercer, intenta a far luce sulla misteriosa scomparsa del fratello, si reca su una sperduta isola del sud Pacifico, insieme ad un gruppo di scienziati che sono alla ricerca di un antidoto contro un virus letale. Ad accoglierli, oltre alla popolazione locale, ci penserà un misterioso e sanguinario predatore letale, la cui natura aracnide non sembra avere avuto origine sulla Terra.
L'Air Force One, l'aereo presidenziale americano, precipita a causa di una tempesta nella zona del Triangolo delle Bermuda. La Marina degli Stati Uniti ha il compito di trovare la capsula di salvataggio che ospita il Presidente ma una gigantesca creatura tentacolare, che riemerge dal fondo dell'oceano, attacca i soccorritori.