A film több mint egy évtizeddel az első rész eseményeit követően meséli el a Sully család (Jake, Neytiri és gyermekeinek) történetét; a rájuk leselkedő veszélyeket, az életben maradásért vívott harcaikat, az őket sújtó tragédiákat és azt, meddig képesek elmenni, hogy biztonságban tudhassák egymást.
Clark Kent a Kripton bolygó szülöttje, és még gyerekként érkezett a Földre, egy meteor becsapódásakor. Martha és Jonathan Kent veszik maguk mellé, és felnevelik őt. Clarknak azonban különleges képességei vannak, melyet szeretne valami jóra használni, így egyenes az út a hőssé válás felé.
Valerian és Laureline a kormány különleges ügynökei, akiket az univerzum rendfenntartásával bíztak meg. Valerian azonban többet remél egy egyszerű szakmai kapcsolatnál, ezért szünet nélkül ostromolja partnerét, Laureline-t, aki hagyományos értékrendje miatt, no meg ismerve Valerian kusza nőügyeit, folyamatosan visszautasítja. Parancsnokuk útmutatása alapján következő küldetésük a lélegzetelállító intergalaktikus városba, Alphába vezet, amely egy folyamatosan növekvő metropolisz a világegyetem négy sarkából érkező ezernyi különleges fajjal. Az idők során az Alpha 17 millió lakosa összekovácsolódott - egyesítették képességeiket és technológiájukat a fejlődés érdekében. Sajnos azonban az Alphán nem mindenkinek ugyanaz az érdeke, láthatatlan erők dolgoznak a háttérben, amelyek hatalmas veszélyt hozhatnak az emberiségre...