Le film est librement inspiré de la pièce de théâtre éponyme de Jules Verne et Adolphe d'Ennery.

Prague au XVIe siècle, l’empereur Rodolphe II place les juifs dans des ghettos pendant qu'il parade dans la ville avec sa cour. Un rabbin donne vie à un Golem qui va venir en aide aux Juifs.

Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new‐yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d’affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d’asservir le monde.

Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…

Le docteur Frankenstein essaie de créer l'être parfait.

L'ingénieur Los réceptionne un curieux message qui semble venir de l'espace. Déçu par sa femme Natacha qui se laisse séduire par la bourgeoisie russe, Los s'évade en rêvant de la planète Mars. Il imagine une société totalitaire où il pourrait mener la révolution, et tomber amoureux de la reine Aelita.

Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIᵉ siècle où, grâce à un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.