Fitzcarraldo je sanjar koji planira izgraditi opernu kuću u Iquitosu, u peruanskoj Amazoni, pa, kako bi financirao svoj projekt, kreće u epsku avanturu skupljanja gume, vrlo isplativog proizvoda, u udaljenoj i neistraženoj regiji prašuma.

Priča o ekspediciji konkvistadora Gonzala Pizarra koji je 1560. i 1561. godine predvodio odred ljudi u peruansku prašumu privučen pričama o izgubljenom gradu. Kada se Pizarro počne pribojavati da je njegova ekspedicija nepromišljena, on odabere manju skupinu ljudi koji će tjedan dana istraživati rijeku dalje uzvodno. Ako ništa ne pronađu, kaže on, odustat će od cijelog pothvata. Ovu manju grupu predvode plemić Don Pedro de Ursua i njegov zamjenik Lope de Aguirre. Putujući na splavi rijekom, istraživače opsjedaju neprijateljski nastrojeni urođenici, bolest, glad i opasne vode. Izluđen pohlepom i izbezumljen od moći, Aguirre preuzme vođenje pothvata uništavajući svakoga tko mu se suprotstavi.

Bill Markham je inženjer koji sa obitelji seli u Brazil kako bi završio izgradnju velike brane hidroelektrane. Kada s obitelji ode na piknik kako bi uživali u prirodi te usput provjerili kako napreduje brana, njegovog sina Tommyja otme domorodačko pleme jer smatraju kako nije pošteno ostaviti dječaka s tim čudnim ljudima koji uništavaju svijet. Kada Bill shvati kako mu sina nema već je kasno. On je zauvijek nestao. Tommy vrlo brzo postane dio domorodačke zajednice, ali njegov otac ne odustaje od potrage za njim.