Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Atteint d'un cancer, Watanabe, chef de service du génie civil, décide de réaliser le projet qu'il avait tout d'abord repoussé : celui d'assainir un terrain vague du quartier de Hureocho pour que les enfants puissent jouer dans un véritable jardin.
Au Japon, sur une minuscule île de l'archipel de Setonaikai, un couple vit avec ses deux jeunes enfants. La terre est aride et l'île ne possède pas de ressource en eau douce. Pour cultiver cette terre ingrate et survivre, le couple est donc obligé de faire de continuels voyages en barque entre la terre ferme et l'île : ramener l'eau précieuse et en arroser avec attention et parcimonie chacun des plants cultivés. Ces gestes renouvelés sans cesse rythment le quotidien. Les jours passent, puis les saisons. Un jour, alors que les parents sont partis chercher l'eau, un des enfants tombe malade, sans raison. Il meurt rapidement sans que personne n'ait pu faire quoi que ce soit pour le sauver. Ses camarades de classe arrivent en bateau pour lui rendre un dernier hommage, puis repartent. Malgré un bref moment de révolte de la mère contre cette vie, le rituel reprend.
Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…
Un ancien yakuza d'âge moyen est libéré de prison après treize ans où il a été placé pour meurtre. Il a du mal à s'adapter à la société et à la liberté, à trouver un travail et à communiquer normalement.
Terriblement traumatisé par la fin prochaine de sa femme et la paralysie d'un de ses collegues, blessé au cours d'une fusillade, le détective Nishi quitte la police. Il va commettre un hold-up pour soulager les miseres de ceux qui l'entourent. La sérénite du dernier voyage qu'il entreprend avec sa femme, vers le mont Fuji, va etre brisée par l'arrivée de yakusas vengeurs.
Un ami du détective a été assassiné. Au cours de l'enquête, une source lui apprend que les liens louches de son ami avec la face obscure du monde politique en sont certainement la cause. En plus de cela, une femme approche le détective avec une demande.
Tokyo Sonata dresse le portrait d'une famille japonaise ordinaire. Le père, licencié sans préavis, le cache à sa famille. Le fils ainé est de plus en plus absent. Le plus jeune prend des leçons de piano en secret. Et la mère, impuissante, ne peut que constater qu'une faille invisible est en train de détruire sa famille.
Kentaro, un jeune étudiant et sa soeur aînée Keiko se décident à faire des recherches sur leur grand-père Kyuzo Miyabe, tué alors qu’il était dans les Forces Spéciales lors de la seconde guerre mondiale. Leur grand-père Kyuzo Miyabe était terrifié par la mort et obsédé par la vie. Pourquoi a-t-il rejoint les forces spéciales ? Selon ses compatriotes, des soldats marines, Kyuzo Miyabe était un génie et aussi un lâche. Kentaro et Keiko découvrent alors la vérité choquante qui est restée scellée pendant 60 ans.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.
Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.
Le film relate l'histoire d'Adèle Hugo, deuxième fille de Victor Hugo. Ce dernier, obnubilé par la mort accidentelle de son aînée, Léopoldine Hugo, avait délaissé la cadette. Adèle connaît par la suite un amour passionné, voire obsessionnel, pour le lieutenant britannique Pinson qui ne la paye pas de retour. Elle termine sa vie dans la déchéance et la folie.
Takao, élève moyen et timide, se sent enfermé dans son quotidien banal. Il n’a qu’une échappatoire : la lecture. Il est surtout fasciné par l’étrangeté des Fleurs du mal de Baudelaire. Ce recueil est devenu son livre de chevet, tout autant que son moyen de se différencier dans un monde gris où tout le monde se ressemble. Il existe pourtant un élément de surprise incontrôlable dans son univers : Sawa, assise derrière lui en classe, refuse toute autorité en bloc. « Cafards ! », « Larves ! » : elle ne rate pas une occasion d’exprimer sa haine et son mépris, même envers ses professeurs. Mais Takao préfère se concentrer sur la populaire Nanako.Alors quand il trouve abandonnés dans la salle de classe les vêtements de sport de l’objet de ses fantasmes, il ne peut s’empêcher de les ramasser… et de s’enfuir en les emportant, sur un coup de tête ! Sawa l’a surpris en plein forfait.Elle commence à le faire chanter : s’il ne veut pas qu’elle le dénonce, il doit obéir à ses ordres!
Fin XIXème siècle, Cartagena, Colombie. Un jeune télégraphiste pauvre et poète, Florentino, tombe amoureux fou de la plus jolie des jeunes filles, Fermina. Sous les amandiers d'un parc, il lui jure un amour éternel et elle promet de l'épouser. Mais le père de Fermina, furieux, se promet de séparer les jeunes amants. Quelques années plus tard, celle qui est devenue une éblouissante jeune femme, irrésistible de grâce et d'intelligence, épouse Juvenal Urbino, un jeune et riche médecin, plutôt que le médiocre Florentino. L'homme qui a réussi à endiguer l'épidémie de choléra de la ville part s'installer avec son épouse à Paris. Lorsqu'ils reviennent à Cartagena plusieurs années après, Fermina a tout oublié de son premier amour... Florentino, lui, ne l'a pas oubliée. Devenu un riche armateur, il collectionne les liaisons féminines mais brûle toujours d'amour pour la belle Fermina...
Des meurtres étranges sont perpétrés sur des jeunes filles qui sont retrouvées mortes, le coeur arraché. L'inspecteur Kanzaki qui est chargé de l'enquête voit sa fiancée mourir sous ses yeux pendant la cérémonie de mariage, le coeur arraché. Mina, la marié, se retrouve alors devant la porte qui sépare le monde des morts de celui des vivant, où Izuko, la gardienne de la porte, lui propose trois choix : tout oublier et se rendre au paradis avant de se réincarner, ne pas accepter sa mort et hanter le monde des vivants, ou alors retourner sur terre afin de se venger et ainsi tuer la personne qui l'a assassinée mais finir en enfer le reste de l'éternité.
Douze garçons et filles se rassemblent dans un hôpital abandonné pour mourir pour diverses raisons. Là, ils trouvent le corps d'un garçon mort. Les 12 garçons et filles tentent de retrouver la personne qui a tué le garçon. Au cours de leur recherche, les raisons pour lesquelles ils veulent mourir sont révélées.
Dans la partie la plus méridionale du Japon, vingt bateaux de pêche de nationalité inconnue occupent des parties de l'archipel Hateruma. Des membres des garde-côtes japonais sont arrêtés. Dans une situation extrêmement tendue, le gouvernement japonais envoie le porte-avions Ibuki et une flotte d'escortes dans la région. Ryota Akitsu est le capitaine du porte-avions Ibuki et Toshiya Niinami est le commandant en second.