На почетку филма италијански рибари спашавају дављеника. Он је скоро мртав и делимично је изгубио памћење. На леђима носи озледе од метака, а на бедру тетоважу броја рачуна у швајцарској банци. Иако се не сећа, види се да је спретан у борилачким вештинама, самоодбрани а и зна више језика. Он покушава да сазна ко је он, и шта га је довело у ситуацији у којој се налази, једино је евидентно, да са бавио опасним стварима. Када стиже у Цирих у банку он проналази гомилу пасоша, новац, аутоматско оружје и име Џејсон Борн, и адресу у паризу. После тога схвата, да га доста људи зна и желе му добро, иако он не зна никога. Он се упознаје са Мари, која га превози у Париз, за 10.000 долара. После неколико авантура он ће сазнати своје порекло, а пут до тога води у седишта ЦИА.

Пре 30 година амерички доктор долази у афричко село чији су становници десетковани болешћу коју узрокује смртоносни вирус. Премда обећавају помоћ, село је ускоро, бомбом велике снаге, збрисано с лица земље. Данашње доба. Млади радник у царинској зони одлучи да украде мајмуна који је стигао из Африке, не знајући да је животиња заражена. Не успевши да га прода, он га пушта на слободу, али је већ инфициран. Зараза почиње да се шири и ускоро из Бостона и Калифорније стижу извештаји о болести. Случај долази да испита војни стучњак за вирусе, др. Сем Денијелс, који са својом екипом открива да овај вирус, назван мутаба, убија у року од 24 сата разарајући унутрашње органе. Ускоро дознајемо како је и војска умешана у постојање вируса, те да је постојао серум. Но након што је вирус мутирао, једини начин за стварање противтела јесте проналазак изворишта заразе, у овом случају афричког мајмунчића...