남극의 노르웨이 탐사팀이 이상한 개를 쫓아 미국 기지까지 오게 된다. 거의 발광하다시피 개를 공격하다가 그만 방어하던 미국인들에게 사살된다. 미국인들은 진상을 조사하기 위해 노르웨이 기지로 사람을 보낸다. 그곳은 사람은 하나도 없고 이상하게 일그러진 시체와 잔해들을 발견한다. 시체들을 해부해 봤지만 별 이상이 발견되지는 않았다. 그러던 어느 날 노르웨이 탐사팀의 추격을 받았던 개가 개집에서 끔찍한 괴물로 변하게 되는데...

런던 근교. 엉성한 발명품만 만들어내는 발명가 월레스는 생활비를 충당하기 위해 창문닦이 서비스를 하고 있다. 월레스의 영리하고 충직한 애견 그로밋은 전자공학에서 도스토예프스키까지 읽는 식견 높은 개다. 그로밋의 생일을 맞자 월레스는 전자바지를 선물한다. 첨단 공법으로 만든 전자바지는 그로밋의 산책은 물론 무슨 일이든 척척 해내는 만능바지. 그러나 이 선물 제작에 많은 돈을 쓴 나머지 생활비가 부족하자 하숙을 놓게 된다. 광고를 보고 세를 든 동거인은 야비한 성격의 수배범 펭귄 맥그로우. 자신의 위치를 빼앗긴 그로밋은 가출을 하기에 이르는데...

신문을 읽고 있던 그로밋은 월레스에게 신문을 보여주면서 걱정한다. 신문마다 양털이 부족한 사태로 떠들썩하고, 한편으론 양들이 계속 어디론가 실종되는 사건이 벌어지고 있는 것. 한편 그 즈음 부업으로 창문닦이 서비스를 하고 있던 월레스와 그로밋은 털실가게를 운영하는 웬돌린이라는 여인으로부터 가게의 쇼윈도우를 닦아달라는 요청을 받게 되고, 월레스는 웬돌린에게 한눈에 반해 버린다. 그리고 그녀의 반려견 프레스톤은 꺼림칙하게 둘을 바라본다. 그러던 어느 날 이상한 양 한 마리가 집에 찾아오는데...

크래커에 치즈를 얹어 먹는 것을 가장 좋아하는 월레스는 어느날 벽장에 치즈가 떨어진 것을 발견한다. 휴가철이 되자 월레스와 그로밋은 휴가지를 고르다 치즈가 가득한 달로 목적지를 정한다. 지하실에서 만든 로켓을 타고 달에 도착한 둘은 피크닉을 하며 여기저기 산책을 하다 우연히 홀로 남겨진 이상한 기계를 발견한다. 호기심에 동전을 넣어보지만 작동을 하지 않자 투덜거리며 기계 곁을 떠난다. 몇 초 후 동전을 넣은 탓인지 갑자기 움직이기 시작한 기계는 달 여기저기를 돌아다니며 치즈를 먹는 월레스를 보고 달을 망치는 중이라고 생각하는데...

어느날 호주 푸에르토리코의 아레시보에 위치한 거대한 전파기지에 외계로부터 발신된 메시지가 도착한다. 메시지는 두가지인데, 첫번째는 오염물질을 배출하지 않으면서 메탄을 대체 에너지로 변화시킬 수 있는 획기적인 방법에 대한 정보였고, 두 번째는 외계 생물의 DNA를 합성할 수 있는 공식이었다. 메시지가 우호적이라 판단된 미국 정부는 DNA합성에 관한 메시지를 가지고 비밀리에 실험에 착수한다. 그 결과 반인간 반외계인인 아기가 탄생하고, 실(Sil)이란 코드네임을 부여받는다. 그러나 뭔가 씰 자신이 능력을 보이지 않고 있는 낌새에다가 비정상적으로 급속한 세포 증식의 속도 등 위험 요소가 다분하다고 느낀 실험진에서는 씰(Young "Sil": 미쉘 윌리암스 분)을 완전히 제거하려 한다. 그러나 예상과 달리 소녀는 가스에 의해 죽기는 커녕 힘이 엄청나게 세져서 방탄 벽을 뚫고 달아나게 된다. 그에 따라 씰을 추적하기 위해 연방의 특수추적 전문가 프레스 팰리(Preston Lennox: 마이클 매드슨 분)와 심령술사, 분자생물학자 등으로 이루어진 팀을 구성, 실을 제거하기 위한 추적에 나선다. 성숙한 여인("Sil": 나타샤 헨스트리지 분)이 된 씰은 어느날 그녀 앞에 나타난 임신한 여자를 보고 자신도 임신하기를 원한다. 특수요원들이 자신을 추적하고 있음을 감지하면서도 씰은 남자를 찾아 다니며 마음에 안드는 사람은 모두 잔인하게 살해한다. 마침내 추적팀의 한 대원과 관계를 맺은 씰은 지하로 숨어들어 부화를 하게 되고 추적팀은 그들을 막기 위해 하수구로 들어가게 된다. 씰은 결국 기름 구덩이에 빠져 죽게 되지만 씰의 몸에서 떨어져나간 신체 일부가 추적팀이 사리진 뒤 쥐와 합성되어 새로운 쥐가 나타나게 된다.

우주를 떠도는 프레데터의 정찰기 안, 퀸 에이리언과의 대결에서 최후를 맞이한 프레데터의 시체가 놓여있다. 어느날 죽은 시체에서 에이리언보다 더 강력하며 단기간의 성장 시스템을 가진 프레데리언이 탄생한다. 놈은 정찰기 안의 모든 프레데터를 습격하고 혼란에 빠진 정찰기는 콜로라도 주의 어느 도시에 불시착하게 되는데… 한편, 평화로웠던 도시에 의문의 실종이 발생하고, 실종자를 수색하던 보안관은 온 몸의 피부가 벗겨진 채 발견된다. 뒤이어 도시의 곳곳에서 쏟아져 나오는 처참한 시체들과 속출하는 괴생물체로 도시는 공포와 불안감에 휩싸인다. 인간들은 이 무자비하고 악랄한 에이리언과 프레데리언에 맞서보지만 그들의 맹공격을 당하기엔 역부족이다. 설상가상으로 에이리언 사냥꾼인 프레데터와 사상 최대의 전투가 벌어지고, 그 중심에 놓인 도시는 걷잡을 수 없는 최악의 상황에 처한다.