توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
دنیای آینده. زمین برای جدال در برابر حشرات غول آسایی از سیارات دیگر که به مایه ی تهدیدی جدی بدل شده اند، آماده می شود. «جانی» (وان دین) و «کارمن» (ریچاردز)، هم مدرسه ای های دل باخته ی یک دیگر که از هم جدا شده اند و به ارتش پیوسته اند، دوباره طی علملیات جنگی در فضا یک دیگر را می یابند. خیلی زود جنگ آدم ها و حشره ها شدت می گیرد...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
مرد جوانی می‌فهمد که برای تضمین بقای بشریت بایستی یک کشتی زمینی پنهان را بیابد، قبل از اینکه بدست گونه‌های بیگانه دشمن بیافتد…
گروهی از بازماندگان راکون سیتی در صحرای نوادا در حال حرکتند و سعی دارند خود را به آلاسکا برسانند. آلیس به این گروه ملحق می شود و ...
«ناتالی» (دیاز)،«دیلن» (باریمور) و «الکس» (لیو)، برای مردی به نام «چارلی» (با صدای فورسایت) کار می کنند که هرگز با کارمندان خود رو در رو ملاقات نمی کند. در مأموریت این بار، «اریک ناکس» (راکول)، یکی از نوابغ فن آوری های الکترونیک ربوده شده و «راجر کوروین» اهریمنی (کوری) مظنون شماره ی یک تلقی می شود...