ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.
ამ ანიმაციაში მომუშავე ჭიანჭველას უყვარდება მეამბოხე პრინცესა. ის პოპულარობას ჯარისკაცობაში ცვლის. პარადში ერთვება და ყველაფერს სისხლისმსმელი გენერალის ბრძანებით ასრულებს. მაგრამ სინამდვილეში ეს იმიტომ გააკეთა რომ საზიზღარი არმიის წინააღმდეგ ებრძოლა.