V filmu, posnetem po resničnih dogodkih, sledimo ustvarjalcu stripov Robertu (Gyllenhaal), ki v svojem delu za časopis ne vidi pravega izziva. Sprememba nastopi, ko se v mestu pojavi skrivnostni morilec, ki pri vsaki žrtvi pusti nenavadno sporočilo, ki ga nihče ne more razvozlati. Toda Robert je že od nekdaj reševal podobne uganke, zato razreši šifro in kmalu postane povsem obseden s primerom, nad čemer policija ni navdušena, še manj pa njegova partnerica. Robertu postane jasno, da ne gre zgolj za zabavno igro, ko Zodiak, kot se morilec poimenuje, z njim vzpostavi neposreden stik.

Pred dvema letoma je Jason Bourne odkorakal v neznano in pustil preteklost za sabo. Zdaj pa se preteklost vrača. Bourne in Marie sta uspela živeti neopazno, nevpadljivo, izven vsakega sistema. Selila sta se iz kraja v kraj, da bi bila neprestano korak pred morebitno grožnjo, ki jo Jason Bourne, stalno pod vtisom raztrganih in nerazložljivih nočnih mor, vidi v pogledu vsakega neznanca, v vsakem telefonskem klicu, ki se konča z "Oprostite, napačna številka." Ko se v zaspani indijski vasici, kjer sta si spet za nekaj časa ustvarila dom, pojavi neznani agent, jima ne preostane drugega, kot da zbežita. Žal jima ne uspe. Bourne se mora posloviti od mrtve Marie. Prišel je čas, da izpolni obljubo. Nekdanjim nadrejenim je obljubil, da jih bo našel in obračunal z njimi, če ju ne pustijo na miru. Morali bi ga poslušati.