Kina, 208. godina. Usprkos tome što zemljom vlada car Han Xian Di, Kina je podijeljena na mnoge zaraćene države. Ambiciozni premijer Cao Cao iskoristi cara kao marionetu i zarati sa zapadnim kraljevstvom Xu kojim vlada carev ujak Liu Bei. Premijerov konačni cilj je izbrisati sva kraljevstva i postati carem ujedinjene Kine. Liu Bei pošalje svog vojnog savjetnika Zhuge Lianga kao izaslanika u južno kraljevstvo Wu kako bi tamošnjeg vladara, Sun Quana, nagovorio da udruže snage. Tamo on upoznaje potkralja Zhou Yua s kojim se sprijateljuje usprkos ovom krhkom savezu. Saznavši da su dva kraljevstva formirala savez, Cao Cao pošalje vojsku od osamsto tisuća vojnika i dvije tisuće brodova u nadi da će jednim udarcem ubiti dvije muhe. Zhou Yu i Zhuge Liang morati će se osloniti na zajedničku mudrost kako bi uništili mnogo jačeg protivnika.
Za vrijeme jedne političke krize u Rusiji četiri pobunjene armije s oko 60.000 ljudi zauzmu rusku nuklearnu bazu na Tihom oceanu. Postoji realna opasnost da bi mogli izvesti nuklearni napad na Ameriku, pa su američke vojne snage u pripravnosti. Zapovjednik američke nuklearne podmornice "Alabame", Frank Ramsey (G. Hackman), u tom času dobije novog zamjenika, prvog časnika Rona Huntera (D. Washington). "Alabama" plovi ispod površine Tihog oceana i približava se ruskoj obali. U jednom trenutku prime obavijest da su ruski pobunjenici dovezli gorivo do nuklearnih raketa, što znači da ih mogu lansirati za jedan sat. Posada "Alabame" je u stanju najviše pripravnosti. Napetost između Huntera i Ramseyja je vrlo velika, a ona će se osobito pojačati kad će nakon sukoba s ruskom podmornicom njihove radio-veze biti prekinute.
Pozvan da izvuče dokaze nakon užasne eksplozije na trajektu u New Orleansu, federalni agent Doug Carlin biva izvučen s mjesta događaja i odveden u strogo tajni vladin laboratorij koji koristi uređaj za nadzor s vremenskim pomakom kako bi spriječio zločin.
Radnja filma smještena je u blisku budućnost, a elitna jedinica G.I. Joe koristi najnoviju špijunsku i vojnu tehnologiju kako bi zaustavili krijumčara oružjem Destroa i rastuću prijetnju misteriozne organizacije Cobra koja svijet namjerava pretvoriti u kaos. Dvojica prijatelja, Duke i Ripcord (Tatum i Wayans) novopridošlice u G.I. Joe jedinici prvo će morati izaći na kraj s najnovijom tehnologijom s kakvom se do sada nisu susreli, a nakon toga pokušat će zaustaviti duplo jačeg neprijatelja...