SSS9, agente segreto di uno Stato del Medio-Oriente, ruba alcune cellule di Godzilla che erano state recuperate anni prima tra le macerie di Tokyo e custodite in un apposito contenitore dalla Japan Self Defence Force. Il dottor Shirigami, incaricato di rielaborare il DNA del mostro, mentre sta rimboccandosi le maniche per mettersi al lavoro, si trova però ad affrontare un improvviso doloroso avvenimento: il contenitore, per evitare che cada in mani sbagliate, è stato infatti munito di un dispositivo autoesplodente e nell'esplosione muore accidentalmente proprio la figlia del dottore, Erika. Shirigami, disperato, mette in pratica un'idea pazzesca...........
Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...
Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.
Il Giappone è totalmente gettato nel panico quando alcune navi pescherecce - al largo delle coste - esplodono e affondano senza motivo. All'inizio le autorità pensano si tratti di mine sottomarine, inviate dai governi nemici, oppure un'insolita attività vulcanica sotterranea. Ma presto le autorità si spostano all'isola di Odo, molto più vicino al luogo dove le navi sono affondate...
Un mostro di enormi dimensioni, Katango, emerge dalle acque delle coste giapponesi con l'obbiettivo di distruggere Tokyo. L'esercito impegna tutte le sue forze per abbatterlo, ma anche i più moderni mezzi non hanno effetto: il mostro ha la capacità di rigenerarsi. Quando tutto sembra perduto, un'altra creatura, uguale a Katango tranne che nel colore, interviene prontamente a difesa degli esseri umani.
Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...