Misterul Armatei celor 12 maimuțe se află între trecut și viitor, între luciditate și nebunie, între vis și realitate. Acțiunea filmului are loc în anul 2035 când omenirea subzistă într-o dezolantă lume a morții, urmare a distrugerii în proporție de 99% a populației Pământului. Cole, un voluntar încăpățânat sprijinit de Kathryn Railly au numai două indicii pentru a descifra enigma Armatei celor 12 maimuțe, care amenință să șteargă omenirea de pe fața pământului.

În timp ce cercetează o pandemie extraterestră misterioasă, o psihiatră află că fiul ei este poate singura speranță de supraviețuire a planetei.