네명의 기록영화팀이 아마존 오지의 비밀을 필름에 담기 위해 출발하지만, 두달이 지나도록 소식이 없다. 그들을 후원했던 방송국에서는 구조대를 특파하고 아마존에 도착한 구조대는 기록영화팀의 참혹한 죽음의 소식과 함께 그들이 남긴 필름을 가지고 돌아온다. 필름을 현상한 방송국에서는 이 필름을 방영하면 높은 시청률을 이끌어 낼 수 있을 것이라 생각하고 시사를 하지만 그 내용의 참혹함에 놀라 결국 필름을 소각시켜 버린다. '지옥으로 가는 길'이란 제목이 붙어있는 그 필름에는 기록영화팀이 원시의 생활 속에서 차츰 잔인한 본능을 드러내고 평화롭게 살고 있던 원주민들을 잔인하게 살해하는 모습이 담겨있었는데...

영원한 젊음을 준다고 알려진 전설속의 희귀난 '블러드 오키드(혈난초)'를 연구하던 의학자 잭과 연구팀은 7년에 한번 꽃피우는 블러드 오키드가 보르네오섬의 정글에 서식중이란 사실을 발견하고 서둘러 탐사대를 조직, 장마철인 몬순기의 정글로 떠난다. 블러드 오키드의 꽃잎이 떨어지기 전에 채취를 해야하는 절박한 상황에 처한 탐사대를 실은 선박은 최단코스를 선택, 무리한 탐사를 하던 도중 폭포를 만나 간신히 몸만 살아남는 처지가 된다. 탐사 도중 엄청난 크기의 아나콘다에게 하나둘씩 희생을 당하면서도 천신만고 끝에 블러드 오키드 서식지를 찾아낼 즈음, 번식기를 맞이해서 먹이에 굶주린 거대한 아나콘다 무리들이 그들을 노리고 있다는 걸 알게 되는데…

하와이의 우거진 수풀 사이로 산악 자전거를 즐기던 평범한 청년 션 존스(나단 필립스 役). 그런 그의 눈에 우연히 띈 건 참혹한 살해 현장! 잔인하고 극악무도한 범죄자 에디 킴이 벌인 이 사건은 션을 큰 위험의 구렁텅이에 빠뜨리게 되는데.. 법망을 교묘히 피해가며 범죄를 저지르던 에디 킴은 살해까지 저지르며 자신의 범죄를 은폐하려 한다. 하지만 살해 현장의 목격자 션으로 인해 모든 것이 밝혀질 위기에 처하자, 무슨 수를 써서라도 그를 죽이려 한다. 한 편, 션은 FBI 넬빌 플린(사무엘 L. 잭슨 役)의 보호 아래 LA의 법정 증인으로 호송되는 비행기에 오른다. 아무런 이상을 체크하지 못한 채 비행기는 이륙하지만.. 에디 킴의 하수인들이 치밀하게 숨겨놓은 수백마리의 뱀들이 독을 품은채 비행기 안에 도사리고 있는데..,!

인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.

생명이 다해가는 대부호 머독은 과학자를 고용해 영원한 젊음과 불멸에 대한 비밀을 가진 영생란으로 불리는 '혈난초(Blood orchid)'에 관한 실험을 한다. 그러나 실험에 이용된 어린 뱀이 밤사이 엄청난 크기로 자라나고 순식간에 살인뱀으로 둔갑해 과학자를 집어 삼키고 실험실을 빠져나간다. 아름다운 파충류학자 아만다는 이 아나콘다를 파괴하기 위해 젊은 과학자들과 사냥꾼으로 구성된 팀을 구성한다. 무장한 암살단이 그 뒤를 쫓지만 지금까지 어떤 아나콘다보다 더 빠르고, 더 크고, 더 굶주린 이 무법자는 반으로 잘라져도 죽지 않고 오히려 두 마리의 거대한 뱀으로 다시 회생하는데 …

그랜드 캐니언에서 따라온 강력한 초자연적인 파워로 인해 생명을 위협받게 되는 스토리.

프리랜서 사진작가 피켓 스미스(샘 엘리엇〉는 자신의 카누를 타고 환경 잡지를 위해 플로리다 높지대에서 오염사진을 찍고 있었다. 그러던 중 클린트 크로켓(아담 로어크)과 남매 캐런 크로켓(조안 반 아크)이 운전하는 모터보트가 그의 카누와 부딪쳐 그가 물에 빠진다. 클린트, 캐런이 사과의 표시로 그를 할아버지 제이슨 크로켓(레이 밀랜드)의 가족과 함께 할 7월 4일 생일파티가 열릴 개인섬 으로 초대한다. 피켓이 이 섬이 개구리, 파충류들이 들끓고 있다는 것과 제이슨이 자신의 관리인에게 양서류, 도마뱀들을 제거하기 위해 소유한 건물 주변에 독을 뿌리라고 지시한다. 그러나 곧 피켓은 개구리등이 인류를 상대로 자연의 복수를 준비하고 있다는 걸 알게 되는데...

용병들이 거대한 검은 뱀과의 전투를 벌이는 장면으로 막을 연 영화는 제약 회사 회장인 머독이 동유럽에 있는 자신의 비밀 연구소를 찾는 장면으로 이어진다. 등장 인물은 2편과 직접 이어지지는 않지만, 혈난초와 뱀이라는 소재를 이어가는 속편이다. 혈난초에서 생명 연장을 위한 물질을 찾아냈지만, 뱀을 제외한 다른 동물들은 독성을 버텨내지 못했고, 연구진들은 어떤 물질이 그 차이를 내는지 알아내려 한다.