Atteint d'un cancer, Watanabe, chef de service du génie civil, décide de réaliser le projet qu'il avait tout d'abord repoussé : celui d'assainir un terrain vague du quartier de Hureocho pour que les enfants puissent jouer dans un véritable jardin.

Début 19ème siècle. De retour à Edo après trois ans d'études à Nagasaki, le jeune docteur Noboru Yasumoto est décidé à y faire une brillante carrière. Il rêve d'une nomination dans l'hôpital du Shogunat. Sa connaissance de la médecine occidentale et ses origines le destinent aux plus hautes sphères médicales. Mais sa première affectation l'envoie dans un quartier très pauvre de Tokyo, à la clinique de l'intransigeant Dr Niide dit "Barberousse". Egoïste et arriviste, le docteur est mécontent d'être aux ordres d'un médecin dans un endroit qui ne correspond pas à son diplôme et à son ambition. Mais peu à peu, Yasumoto surmonte son amère déception et s'attache aux malades et à son étrange patron. Barberousse est un médecin atypique au coeur pur entièrement dévoué à la cause des plus pauvres. En fréquentant les laissés pour compte de la société, Noboru s'humanise...

Au Japon, sur une minuscule île de l'archipel de Setonaikai, un couple vit avec ses deux jeunes enfants. La terre est aride et l'île ne possède pas de ressource en eau douce. Pour cultiver cette terre ingrate et survivre, le couple est donc obligé de faire de continuels voyages en barque entre la terre ferme et l'île : ramener l'eau précieuse et en arroser avec attention et parcimonie chacun des plants cultivés. Ces gestes renouvelés sans cesse rythment le quotidien. Les jours passent, puis les saisons. Un jour, alors que les parents sont partis chercher l'eau, un des enfants tombe malade, sans raison. Il meurt rapidement sans que personne n'ait pu faire quoi que ce soit pour le sauver. Ses camarades de classe arrivent en bateau pour lui rendre un dernier hommage, puis repartent. Malgré un bref moment de révolte de la mère contre cette vie, le rituel reprend.

Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité.

Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…

Masao s'ennuie. Il habite Tokyo avec sa grand-mère qui travaille toute la journée. Grâce à une amie de cette dernière, Masao rencontre Kikujiro, un yakusa vieillissant avec lequel il part à la recherche de sa mère, qu'il ne connait pas et qui vit au bord de la mer.

Aux prises avec ses obligations sociales et familiales, une jeune artiste de manga s'engage contre toute attente sur la voie de l'émancipation et de la liberté sexuelle.

Nankin, 1937. John Rabe qui vit depuis plus de trente ans dans l'ancienne capitale chinoise dirige la filiale locale de Siemens et doit rentrer à Berlin. Lors de son bal d'adieu, la ville est bombardée par l'armée japonaise. Le lendemain matin, les étrangers encore en ville proposent de mettre en place une zone de sécurité à Nankin afin de protéger les civils chinois. John Rabe est nommé président de cette zone...

Au cinquième jour de la sanglante bataille d'Iwo Jima, cinq Marines et un infirmier de la Navy hissent ensemble le drapeau américain au sommet du Mont Suribachi, tout juste repris aux Japonais. L'image de ces hommes unis face à l'adversité devient légendaire en l'espace de quelques jours. Elle captive le peuple américain, las d'une guerre interminable, et lui donne des motifs d'espérer. Pour mettre à profit cet engouement, les trois "porte-drapeaux" sont livrés à l'admiration des foules. Leur nouvelle mission : servir leur pays en vendant les précieux Bons qui financent l'effort de guerre.Le laconique John "Doc" Bradley, le timide Amérindien Ira Hayes et le fringant Rene Gagnon se prêtent au jeu avec un dévouement exemplaire. Ils sillonnent sans relâche le pays, serrent des milliers de mains et prononcent des allocutions. Mais, en leur for intérieur, une autre bataille se livre…

Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.

Ancienne geisha, Sada sert désormais comme servante dans une auberge de Tokyo. Elle attire bientôt l’attention de Kichi, le mari de la patronne, et devient sa maîtresse. Le couple va éprouver l’un pour l’autre un désir jamais connu jusque-là, qui les conduira à s’extraire de la vie réelle…

Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.

Marie-Thérèse, une religieuse suisse en mission, rencontre un ingénieur japonais à bord d'un bateau, allant de Marseille à Yokohama.