Czworo dzieci mieszka z matką w małym mieszkaniu. Żadne z nich nie zna swojego ojca. Pewnego dnia matka odchodzi, pozostawiając po sobie jedynie trochę pieniędzy i krótki liścik.

Koniec XIX wieku. Japonia. Krótko po narodzinach Yuki jej matka umiera. Dziewczynka przyszła na świat w dość nietypowych okolicznościach- w więzieniu, a całe jej życie ma tylko jeden cel- dokonać krwawej zemsty. Przez najbliższe kilkanaście lat szkoli się pod okiem pewnego mnicha, aby wymierzyć sprawiedliwość za krzywdę jaka spotkała jej rodzinę jeszcze przed jej narodzinami. Kiedy ukończy 20 lat, wyruszy na poszukiwanie sprawców tragicznych wydarzeń...

Przyjęty do yakuzy młody Kenji przysięga posłuszeństwo swojemu szefowi i obiecuje przestrzegać zasad obowiązujących w rodzinie mimo zachodzących wokół zmian.

Japoński naukowiec Shinoda stoi na czele grupy GPN - Godzilla Prediction Network (Grupa Obserwatorów Godzilli - GOG). Próbuje on odgadnąć motywy postępowania Godzilli i przewidzieć, gdzie się ona pojawi. Jego celem jest zbadanie natury potwora i ochranianie go. Tymczasem Godzilla, potężny, niezniszczalny jaszczur wychodzi z kryjówki w głębinach oceanu. Shinoda razem z nastoletnią córką Yo, która pomaga mu w pracach badawczych i z dziennikarką Yuko, która za wszelką cenę chce zrobić zdjęcie Godzilli, podąża jej śladem. Shinoda próbuje powstrzymać Katagiriego, szefa CCI (Crisis Control Intelligence) - Agencji Bezpieczeństwa Narodowego przed zniszczeniem Godzilli. Katagiri postawił sobie za cel jej zabicie, bez względu na konsekwencje. Z dna morza wynurza się też meteor, który ma 60 milionów lat i zmienia się we wrogi Ziemi statek kosmiczny. Ze statku zaś wychodzi Orga - gigantyczne, śmiertelnie niebezpieczne stworzenie. Japonia pogrąża się w panice i w chaosie. Pomóc może tylko Godzilla.

Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.