يتم دعوة شاب عبقري للإنضمام الى مجموعة هاكر تخريبية تستعد نحو شهرة عالمية.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يتقاعد العميل (إيثان هانت) من عمليات التدريب، لكن يُطلب منه العودة للعمل مرة أخرى لمواجهة تاجر سلاح ومعلومات دولية، يقوم (إيثان) بإعادة لم شمل فريقه بهدف تنفيذ مهمة جديدة، وتتعرض زوجته للخطر أثناء تنفيذ العملية، ويُضطر إيثان لتمديد وقت المهمة بهدف إنقاذ زوجته.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
تدور أحداث القصة حول سرقة فيروس مميت يُدعى (كميرا) والمصل الخاص به، يتعين على العميل (إيثان هانت) منع انتشار الفيروس، والذي يؤدي للوفاة في حالة الإصابة به خلال ساعات معدودة، يكون على إيثان أن يسترجع مصل الفيروس من (شين آمبروز) الذي ينوي بيع المصل المضاد لمجموعة من الإرهابيين للحصول على الأموال الطائلة بعد نشر الفيروس في العالم كله، يستعين إيثان باللصة المحترفة (نياه) لمساعدته في استرجاع المصل والفيروس، إلا أنه سرعان ما يقع في حبها، يسعى إيثان لإنقاذ حبيبته من موت محتم بعد أن تصاب بالفيروس، في الوقت الذي يتوجب عليه إفشال مخطط نشر الفيروس.
نحن نقصد شيئا أكبر. يخضع المعالج المهني اللطيف لإجراء جديد ليتم تقليصه إلى أربع بوصات حتى يتمكن هو وزوجته من المساعدة في إنقاذ الكوكب وتحمل نمط حياة لطيف في نفس الوقت.